在因公出国（境）方面，教育部留学服务中心、中国机电产品进出口商会等8家单位违规组织跨地区跨部门团组5个，存在变更路线或延长时间问题的团组8个；4个部门和11家所属单位无预算、超预算列支或转嫁出国（境）费用384.42万元，其中银监会114.07万元、全国妇联92.46万元。
公务用车方面，商务部机关服务局、中日友好环境保护中心、中国人口宣传教育中心等4家所属单位长期无偿占用其他单位车辆9辆，国资委等3个部门未及时清理上缴公务用车10辆；20家所属单位存在公务用车运行费超预算、超标准购置公务用车等问题，涉及金额623.27万元，其中国土资源部的3家所属单位125.56万元、民政部的2家所属单位59.8万元。
公务接待方面，主要是海关总署等3个部门和中国青旅集团公司、民族文化宫等16家所属单位超标准列支、转嫁接待费等240.98万元。
在会议费方面，3个部门和21家所属单位超预算、超标准列支会议费1651.1万元，其中中国有色金属工业协会1081.84万元、中国农业科学院57.79万元；4个部门和20家所属单位在京外或非定点饭店召开会议263个；3个部门和3家所属单位由其他单位承担会议费92.47万元。
科研经费管得过死有形成本占比大
审计发现，科研投入管理机制与科技创新要求不适应。跟踪审计创新型国家建设、大众创业万众创新等政策落实情况发现，科研项目和经费管理制度还不完善，科研经费管得过死，有形成本占比大，智力成本补偿不够，科研成果转化率低。从抽查11个中央部门单位科技资金使用情况看，仅扩大开支范围、利用假发票报账等问题金额就达3.17亿元，其中既有为保障必要支出不得不到处“凑”发票来报账的情形，也有个别人员借机骗取套取科研资金的问题。
审计还发现，对科研单位和科研项目的检查繁多，加重了科研单位负担，如中科院所属85个院所2013年至2015年共接受各类检查评审3500多次，其中以“审计”之名进行的有760多次。但实际上，其间审计署对中科院部门预算执行审计中仅重点延伸审计了15个院所。
地方政府债务审计发现违规举债问题
地方政府债务审计发现，有的地区仍违规或变相举债。抽查发现，至2015年底，浙江、四川、山东和河南等4个省通过违规担保、集资或承诺还款等方式，举债余额为153.5亿元。
有的地方出现一些隐性债务，内蒙古、山东、湖南和河南等4个省份在委托代建项目中，约定以政府购买服务名义支付建设资金，涉及融资175.65亿元；浙江、河南、湖南和黑龙江等4个省在基础设施建设筹集的235.94亿元资金中，不同程度存在政府对社会资本兜底回购、固化收益等承诺。
