2016年8月11日至25日期间，《知识分子》向国内外诸多物理学家询问他们对于中国建造大型对撞机的看法，并将一些争议性的问题进行整理，发送至王贻芳所长和华裔数学家丘成桐教授，其中转承了哈佛大学物理系博士王孟源所做题为《高能物理的绝唱》疑问，并提出华裔物理学家杨振宁教授反对中国建造大型对撞机一事，对此征求他们对于反对意见的回复。

2016年8月29日，公众号“老顾谈几何”发表丘成桐署名文章《关于中国建设高能对撞机的几点意见并回答媒体的问题》。文中，丘成桐首先质疑了《高能物理的绝唱》一文的作者王孟源的学术背景，称王的导师“是一个没有再系中升职的助理教授”。

而针对“杨振宁先生反对对撞机落户中国”一事，丘成桐在表达对杨振宁尊敬之情的同时也指出，对杨反对对撞机落户中国一事并不知情。丘成桐还表示，重要科学的创作，都包含中国科学家的贡献在内，不属于某人所有，真理只在反复的推理和实验下，才能得到大家的认同，“所以古希腊哲学家说：吾爱吾师，吾更爱真理”。

2016年8月30日，王孟源在《中国时报》的专栏博客上对丘成桐的意见作出回，在介绍他个人学术背景的同时，也对丘成桐的相关意见进行了反驳。

2016年9月4日，《知识分子》发表华裔物理学家杨振宁题为《杨振宁：中国今天不宜建造超大对撞机》的文章。杨教授首先指出，丘成桐教授的理解有误，“我绝不反对高能物理继续发展，我反对的是中国今天开始建造超大对撞机”，并在随后的文章中列举了七条反对中国建造大型对撞机的原因。杨振宁教授也成为首个公开反对对撞机项目落户中国的知名物理学家。

2016年9月5日，中科院高能所所长王贻芳在《知识分子》发表题为《中国今天应该建造大型对撞机》的“背靠背”文章，对杨振宁教授提出的七条反对意见作出针对性的回复。王贻芳在最后指出，“高能物理的前途在哪里，见仁见智。面对未来，我们应该更多地听取科研一线新生代科学家的意见，他们才能引领我们的科技事业兴旺发达，领先国际。”

2016年9月5日，新华社发表题为《超大对撞机论战反映科技进步》的文章，对此次关于对撞机的争论作出评论。文章指出，针对大型科学装置的争论不仅让普通公众得以一窥科学前沿的最新进展，还借助网络直接参与讨论，这一现象本身就反映出科技的进步；并提出：这次各方科学人物公开辩论，是一个良好的发展方向。相信这些大师级科学家并不介意公开讨论学术上的分歧，也会希望公众更多了解自己的领域。今后，重大科学工程决策必然会更加吸引公众的目光，也必然更有透明度。