正式的审判在10月29日举行，截止至公审的前两天，控诉山下奉文的诉因竟多达123项。事实上，山下的罪状的确不应只限于1944年10月至1945年8月这10个月，就以东南亚地区而言，1942年2月14日，山下奉文进攻新加坡时为了“使市民产生恐怖心理”，下令炮轰城市，不少炮弹落到居民区，炸死很多平民。当然，最骇人听闻的还是发生于1945年初，美军在强攻马尼拉期间，日军对马尼拉进行了疯狂的破坏和屠杀，据统计，大约有3/4建筑被毁，12.5万菲律宾人惨遭杀戮，其中最恶劣的是日军在圣保罗大学一次杀害994名菲律宾儿童。虽然在屠杀发生前山下奉文曾下令马尼拉为不设防城市（因日本海军拒绝接受命令而继续抵抗），但在整个屠杀过程中，他几乎没有采取任何措施。在宣读指控山下的陈述时，首席检察官罗伯特?科尔甚至愤怒地斥责他是“人民的公敌”。

审判开始后，不断有受害人出庭作证。据日本历史学者儿岛襄在其著作《马来之虎—山下奉文》中所记载，审判山下的过程中，“一个接一个的证人，有做母亲的，叙述了亲眼看见日本兵当面刺杀了她的孩子；有的出示少女背上刺刀的伤疤；有的详细谈及日本兵对妇女的暴行；一个男人出示了差一点被砍掉脑袋而在颈上留下的疤痕”，法庭仅是记录证人们所讲述的日军暴行，就用了2900多页纸。

法庭也给山下奉文辩护的机会。开庭前，盟军西太平洋的指挥官威廉?斯泰尔就指定了6位律师为山下辩护。从11月28日起的3天时间里，山下都站在为自己辩护的证言台上，但过程很简短，因为他几乎没有辩护。谈及日军暴行，山下说：“我并不知情，但我不会说我没有责任。”并表示“我要不负责，谁来负责？”

或许是以退为进，又或是性格使然，总之山下这种将罪责全部承担的态度竟然引起控方部分人的同情，预测他会被判死刑的人也急剧减少。不过，也有人认为必须坚决追究战争责任，严惩山下，据原参谋副长宇都宫回忆，曾经在新加坡被山下打败的英军参谋瓦尔德上校说：“如果（山下）在马尼拉法庭宣告无罪，英方准备马上把当事人要过去，在新加坡召开军法会议判以死刑，请做好思想准备吧！”

史无前例的审判

1945年12月5日，美、英、澳三国特派员12人对山下奉文是否有罪的问题进行不记名投票，结果出人预料，12人全部投了“无罪”，山下案眼看就要出现大反转。宣判到来之前，法官进行秘密投票，这次投票的结果将决定对山下的量刑。12月7日下午2时，审判官宣布开庭并宣读判决理由书。对于山下案的复杂问题，判决理由书中这样陈述：“……由于部下一人犯了残杀或强奸罪，便把指挥官看成杀人犯、强奸犯是不合理的。但……发现了这样的犯罪行为，指挥官没有做出有效的努力加以取缔，那指挥官……对部队的不法行为就必须负责……”