正式的审判在10月29日举行,截止至公审的前两天,控诉山下奉文的诉因竟多达123项。事实上,山下的罪状的确不应只限于1944年10月至1945年8月这10个月,就以东南亚地区而言,1942年2月14日,山下奉文进攻新加坡时为了“使市民产生恐怖心理”,下令炮轰城市,不少炮弹落到居民区,炸死很多平民。当然,最骇人听闻的还是发生于1945年初,美军在强攻马尼拉期间,日军对马尼拉进行了疯狂的破坏和屠杀,据统计,大约有3/4建筑被毁,12.5万菲律宾人惨遭杀戮,其中最恶劣的是日军在圣保罗大学一次杀害994名菲律宾儿童。虽然在屠杀发生前山下奉文曾下令马尼拉为不设防城市(因日本海军拒绝接受命令而继续抵抗),但在整个屠杀过程中,他几乎没有采取任何措施。在宣读指控山下的陈述时,首席检察官罗伯特?科尔甚至愤怒地斥责他是“人民的公敌”。
审判开始后,不断有受害人出庭作证。据日本历史学者儿岛襄在其著作《马来之虎—山下奉文》中所记载,审判山下的过程中,“一个接一个的证人,有做母亲的,叙述了亲眼看见日本兵当面刺杀了她的孩子;有的出示少女背上刺刀的伤疤;有的详细谈及日本兵对妇女的暴行;一个男人出示了差一点被砍掉脑袋而在颈上留下的疤痕”,法庭仅是记录证人们所讲述的日军暴行,就用了2900多页纸。
法庭也给山下奉文辩护的机会。开庭前,盟军西太平洋的指挥官威廉?斯泰尔就指定了6位律师为山下辩护。从11月28日起的3天时间里,山下都站在为自己辩护的证言台上,但过程很简短,因为他几乎没有辩护。谈及日军暴行,山下说:“我并不知情,但我不会说我没有责任。”并表示“我要不负责,谁来负责?”
或许是以退为进,又或是性格使然,总之山下这种将罪责全部承担的态度竟然引起控方部分人的同情,预测他会被判死刑的人也急剧减少。不过,也有人认为必须坚决追究战争责任,严惩山下,据原参谋副长宇都宫回忆,曾经在新加坡被山下打败的英军参谋瓦尔德上校说:“如果(山下)在马尼拉法庭宣告无罪,英方准备马上把当事人要过去,在新加坡召开军法会议判以死刑,请做好思想准备吧!”
史无前例的审判
1945年12月5日,美、英、澳三国特派员12人对山下奉文是否有罪的问题进行不记名投票,结果出人预料,12人全部投了“无罪”,山下案眼看就要出现大反转。宣判到来之前,法官进行秘密投票,这次投票的结果将决定对山下的量刑。12月7日下午2时,审判官宣布开庭并宣读判决理由书。对于山下案的复杂问题,判决理由书中这样陈述:“……由于部下一人犯了残杀或强奸罪,便把指挥官看成杀人犯、强奸犯是不合理的。但……发现了这样的犯罪行为,指挥官没有做出有效的努力加以取缔,那指挥官……对部队的不法行为就必须负责……”










