科学研究是一个对猜想不断验证的过程。2015年，以付巧妹为第一作者的论文《一名拥有近代尼安德特人祖先的罗马尼亚早期现代人》在《自然》杂志刊登。论文的背后，是充满排查和论证的过程。拿到罗马尼亚早期现代人的下颌骨后不久，通过零星的信息，付巧妹开始怀疑他和尼安德特人有基因交流，并设计了针对两种人群之间基因交流的探针。惊喜的是，很多染色体都提供了两者基因交流的证据。通过比对，这位4.2万-3.7万年前的罗马尼亚早期现代人被发现含有6%-9%的尼安德特人基因。

尼安德特人是出现于40万-80万年前，并于约3万年前灭绝的古人类。因为通婚，它的基因在亚欧大陆的现代人身上广泛存在，但通常只有1%-4%的含量，隔着几百代的距离。为了厘清6%-9%的含量是多近的代际关系，通过模拟、看DNA片段分布等方式，付巧妹证实了这个个体的4-6代祖先中有尼安德特人，也就是说，该个体的曾曾曾祖父母有一个就是尼安德特人。这是第一次直观地看到在数代人之内有尼安德特人的存在，更新了以往学界认为的，尼安德特人只在5万年前和现代人有基因交流的观点。

“一个人看问题的角度还是相对来说，会有不确定性。”付巧妹直到和同行专家讨论完，从“确信”坚定成“非常确定”后，才开始高兴。可也只是高兴而已，没有特别的庆祝。“高兴已经是最大的庆祝，”付巧妹说：“你可能觉得这是不是太标榜自己了。但庆祝的话，没有。因为我觉得每次的研究它并不能代表一个里程碑，它只是告诉你，你做完了一个工作，知道了一些，接下来你还有更多的工作需要去做。”

这是付巧妹的常态。等到论文发表，相关研究已经完结几个月之久，等到媒体看到论文后纷沓而至，付巧妹已经着手下一个新项目。在哈佛的博士后导师David Reich问她对采访有什么感觉，她却对此兴趣不大，“和我没有太大的关系，已经是过去的事情了。”