2001年，庄逢辰当选中科院院士。他把更多精力放在燃烧先行研究的创导和工程热物理学科发展的年轻人才的培养上。2003-2013年担任了工程热物理学科国家重点实验室评估组的组长和自然科学基金工程与材料科学学部的评审组组长，并为成立有关先进发动机燃烧关键基础科学问题的国家自然科学重点基金项目而作出努力和为培养年轻科技工作者竭尽所能。
庄逢辰对燃烧科学研究有着无尽的追求，十分推崇钱学森的技术科学思想，是钱学森的技术科学思想的践行者。他认为燃烧基础研究一定要走在型号研制的前面，为型号研制提供创新的思想、新的技术、新的方法。他常说：我知道的要比我想知道的少得多，我能做的比我想做的少得多，我做的又比我能做的少得多，我做出有些成绩的又比做过的少得多，我现在还有很多要学的东西。
他开创的燃烧模型和数值模拟学术方向在很长一段时间内有很多人还不认可。上世纪80年代，当时庄逢辰研究的液体火箭发动机燃烧模型和数值仿真科学计算还是一门正在发展中的新兴学科，远远没有成熟,很多人还看不清,甚至不相信。当时国内正传唱着一首台湾校园歌曲：蜗牛和黄鹂鸟。庄逢辰对学生说：我是赞扬蜗牛精神的，不要等葡萄熟了才往上爬，那时没有意思了。正因为没有成熟，我们的研究才更需要、更有价值、更有挑战性，同时也更需要我们更加努力。
当选院士后，他积极响应百名院士进百校的号召，在各高校和中学作航天推进技术的发展历程、现状与将来、深空探测推进技术、奔月推进技术、超燃发动机的发展和燃烧问题等各种科普报告，上世纪90年代他就十分关注各种新型航天推进的发展和应用，到各高校介绍爆震理论和爆震推进技术，支持西北工大从事脉冲爆震发动机的研究，2002年提议国防科技大学研究连续旋转爆震发动机研究。
2012年5月中国工程热物理学会授于庄逢辰突出贡献奖。颁奖辞这样写道：“他传承着“两弹一星”的“艰苦奋斗、无私奉献”之精神。他是崛起之音的谱写者，讴歌出中华儿女的强国之音。他淡泊名利，寒窗苦守，终硕果累累，桃李芬芳。他心系国家，鞠躬尽瘁，终梦圆天际，铸中华豪情。他点石成金，琢朴成器，春风化雨，润物无声。他严于律己，宽以待人，以行立教，以德立身。60载潜心燃烧研究，终硕果累累。一甲子燃烧精神绽放，滋挑育李，芬芳遍神州。他是知识的宝藏，科学的旗帜，知识分子的楷模，他就是庄逢辰院士。
