企业运营本已如此艰难，然而皇台酒业内部股东内斗不止。2015年8月，*ST皇台宣布一项33.6亿元的定向增发，此后股票连续两日涨停，然而这份预案遭到二股东北京皇台商贸的坚决反对。2015年11月5日，*ST皇台召开2015年第一次临时股东大会，审议通过了《关于公司符合非公开发行股票条件的议案》。2016年1月5日，*ST皇台宣布收到民事起诉状，北京皇台商贸以公司董事会秘书未参加本次临时股东大会为由，要求撤销公司2015年第一次临时股东大会作出的决议。7月1日，公司收到了一审判决书，判令撤销被告*ST皇台2015年第一次临时股东大会作出的决议。

资料显示，最初*ST皇台的控股股东为甘肃皇台酿造（集团）有限责任公司，其100%股权为武威市凉州区国有资产管理局持有；自2001年起，公司的控股股东就变成了北京皇台商贸有限责任公司（下称“北京皇台”），北京皇台为皇台集团的控股子公司。其后，经过此前一系列的股权变动，2007年北京鼎泰亨通有限公司成为皇台酒业第一大股东，原第一大股东国有北京皇台商贸有限责任公司成为第二大股东。2010年2月，皇台酒业股权结构再次发生变化。皇台酒业原第一大股东北京鼎泰亨通有限公司，与上海厚丰投资有限公司（下称“厚丰投资”）签署了《股权转让协议》，厚丰投资受让19.6%的股权（3477万股）成为皇台酒业新的第一大股东。截至目前，厚丰投资持有上市公司19.60%的股权，为第一大股东，北京皇台商贸则持有上市公司13.90%的股权，紧随其后。在厚丰投资成为*ST皇台的控股股东后，大股东与二股东之间冲突不断。尤其是进入2015年下半年，北京皇台、皇台酿造便曾连续起诉上市公司。与此同时，*ST皇台的多项议案，更是遭到北京皇台方面的反对。