2002年时硕士研究生在区级医院可以说是凤毛麟角，然而莫耘松却没有因此而满足。早在2001年，他在读硕士研究生的同时就参加了博士研究生入学考试，用他自己的话说是先去热了一下身感受了一下，2002年他全力以赴，在硕士研究生毕业的同时又考入浙江省中医学院，师从著名专家项柏康教授，攻读半脱产中医消化内科博士研究生学位。那时候省中医学院已搬到滨江区，路途较远，需要转三班车才能到学校，每周上课的那三天他五点半就出发，晚上七点半之后才能到家，冬天时日短，基本每天都是披星戴月；不去学校的几天就在医院上班，手下几十个医护人员，上百号病人的事他必须操心；还得挤出时间复习准备各个学期的考试，收集临床病例资料做科研课题撰写学术论文。就在这三年中，他在国家级、省级医学杂志上发表学术论文六篇，他与中医学院的一位学长唐晓颇联手编写的著作《胆囊炎与胆石症调养》由浙江科技出版社出版，他精心撰写毕业论文的《胃癌前病变细胞增殖与凋亡相关基因的表达与中医证型的关系》通过论文答辩，2005年7月，莫耘松顺利拿到了博士学位，成为余杭区卫生系统自己培养的第一位医学博士。

最大的成就感是给病人看好病

一个好医生必须具有探索医学新领域的勇气，要善于在工作中总结自己经验与成果，供同行们在实践中参考或为后来者前行作铺垫。莫耘松在攻读博士学位的那几年，在学术上的努力已经让他硕果累累，学成后回到医院上班，他在这方面的热情更是一发不可收拾，学习、看病、论文成了他的工作三部曲。学术论文不像小说散文，作者可以根据自己主观思维天马行空一番。它必须是真实唯物的，每一个观点必须由临床实践来支持，经得起科学的论证。中医院作为一家区级医院科研设备有限，莫博士就想办法与多家省级医院联系，寻求他们的帮助与合作。一有时间就带着临床采集的标本跑到杭州，借用他们的仪器设备对其进行研究、分析、对比。2005年以来，莫耘松主持的《葛根素对缺血性脑中风患者血浆一氧化氮和内皮素的影响》、《中药胃尔康对慢性萎缩性胃炎多基因调控的影响》与《胃黏膜病变组织环氧合酶-2和三叶因子1的表达与中医证型的关系》等六项科研课题顺利结题，均达到国内先进水平。在国家级和省级医学杂志上发表学术论文十余篇，获得浙江省中医药科学技术创新奖、杭州市科技进步奖、余杭区优秀论文奖等数十项奖项。2007年9月，莫耘松被提拔为区中医院副院长，分管科研工作。在他的带领下2008年医院职工发表的学术论文数量在前一年的基础上翻了一翻，申报的科研项目也一年比一年增加。2009年7月年莫耘松又被任命为余杭区中医药协会秘书长。

虽然工作中多了许多管理方面的事宜，但是莫耘松每天的日程安排得满满当当，每星期也仍会在固定的时间看门诊，通常是上班时间未到，诊室外面的候诊椅上就坐满了等待的病人。莫医生连续数小时切脉诊治，至意深心、详察秋毫，从不焦躁。就如唐代大医家孙思邈在其名著《千金要方》中写的那样:“凡大医治病，必当安神定志，无欲无求，先发大慈恻隐之心，誓愿普救含灵之苦。”也有人会问：“你总那么忙不烦吗？”他会笑笑说：“我们都是‘凡’人，既是‘繁’人，也是‘烦’人，做人就是这样，烦也是自己的选择。”