上合组织从安全领域的互信起步，倡导新型安全观，以合作促安全，从一开始就彻底摒弃冷战思维、强权政治；秉持开放的原则，不针对第三方，成员国结伴不结盟，不谋求建立军事政治同盟；强调大小国家一律平等的原则，尊重差异，协商一致，互利共赢，代表了区域合作的新方向，符合冷战以后地区各国求和平、谋发展的根本诉求。

　　机制建设的特色

上合组织成立后的第一个十年，是地区形势急剧变化的时期。美国及其盟友的反恐战争、一些独联体国家发生的“颜色革命”、全球性的金融危机，使地区格局发生深刻调整，但上合组织经受住了这些突发事件的考验，内部的凝聚力不断增强。通过建立起多层次的例行会晤机制，成员国保持了经常性的密切接触，通过对话、协商不仅解决相互间的分歧，而且对地区问题、国际事务能够形成共识、统一立场。

国家元首理事会是该组织的最高领导机构，负责研究、确定多边合作与活动的战略、优先领域和基本方向，通过重要文件。政府首脑（总理）会议每年召开一次，举办国总理担任主席；外长会议每年在元首峰会之前的一个月举行，地点与峰会一致；国家协调员理事会由成员国各自任命的国家协调员组成，为高级别的会议做准备。2004年启动了秘书处和地区反恐怖机构两个常设机构，领导人由各成员国轮流担任，充分体现了平等的原则。

为落实元首会议和总理会议的决议，推进各领域合作，上合组织还陆续启动了各部门领导人会议，在成员国轮流举行。截至目前，上合组织框架内已建立国防部长、经贸部长、交通部长、文化部长、教育部长、科技部长、农业部长、公安（内务）部长、安全会议秘书、总检察长以及执法安全、紧急救灾等部门领导人的会议机制。有的会晤机制下还设有高官会或工作组、专家组，负责具体实施合作计划或提供政策咨询。上合组织框架内还建立一些民间协调机制，如实业家委员会是联系成员国实业和金融界的非政府组织；银行联合体由成员国赋予全权的银行组成，旨在为经济项目提供资金支持。