田晋文不服，向山西省高级人民法院提出上诉。2004年11月22日，山西省高级人民法院审理后认为部分事实不清，证据不足，撤销临汾市中级人民法院一审判决，发回重审，并指出了需要查清的7个方面问题。在重审过程中，临汾市人民检察院突然提出撤诉，临汾市中级人民法院予以准许。
原本以为案件就此结束，自己会被无罪释放。但让田晋文没想到的是，5天后，临汾市人民检察院却向汾西县人民检察院下发了《关于被告人田晋文贪污一案的审查决定书》，称“临汾市中级人民法院重新审理此案中向我院提出建议此案审级下放，据此我院与中级人民法院就该案审级问题进行协商，经研究决定将此案从中级人民法院撤回起诉，由你院审查起诉。”至此，田晋文的案件又回到了起点。
2005年8月8日，汾西县人民检察院在没有补充新证据，仅修改涉案数额的前提下，向汾西县人民法院提出起诉，结果被法院驳回。汾西县人民法院一位退休法官告诉记者，当时他们连开了3次审委会，都认为此案不应由他们院管辖，所以不予起诉，而且该案原审不是我们，“审级下放”与法律相悖。
但压力之下，汾西县人民法院最终还是受理了汾西县人民检察院的起诉。2006年5月25日，汾西县人民法院判决田晋文将351563.8元公款非法占为己有，贪污罪名成立，判处有期徒刑11年。田晋文随后上诉，临汾市中级人民法院认为“原判认定的事实清楚，证据确实、充分”，维持原判。
田晋文在老家的院子里
为洗掉屈辱揭开案件“谜团”
出狱第二天，他就开始四处奔走，一边自学法律，一边重新收集证据。有些同情他遭遇的司法人员也向他伸出了援手，纷纷私下向他提供当时办案的内部材料。随着细节不断完善，当年案件如何立案、贪污数额如何确定、证据如何造假等“谜团”被一一揭开
“在狱中每天都是煎熬，尤其是想到两个孩子，心里特别难受，很想看看他们，却从来不敢让他们来探视。”田晋文说。
而对这个破碎的家庭来说，由此带来的屈辱和生活压力是更现实的折磨。“爸妈一个是贪污犯，一个是偷税犯，孩子们还怎么做人。”田晋文的妻子王燕梅告诉记者，自己服刑半年释放后，当过保险员、电话员，收入都不高，积蓄花完后，经常要靠亲戚帮助才能供两个孩子上学。而最让她担惊受怕的是，儿子性格变得十分暴躁，经常说一些很暴力的话，学习成绩也一落千丈。
