为了解决自身发展遇到的困境，2006年，深圳大学城管委会邀请马陆亭来作调研。马陆亭发现，对于如何办学，深圳市和大学两方面存在一定的认识错位：深圳方面总希望大学城能更多地为当地服务，而学校则认为地方不懂教育，而且对于涉及到影响自身品牌的问题非常敏感。

一个最明显的例子是，深圳市有人问：既然三家名校的研究生院开在了家门口，那么我们读你们的研究生是不是更容易？能不能过了国家线就录取？

对此，马陆亭说，深圳市应当有这个胸襟：既然想建世界一流大学，就要按高等教育的规律来办事。而对于大学来说，在坚守学术水准的同时，也应当注意结合所在区域的特点。“你在深圳办学，跟在北京办学毕竟是不一样的。斯坦福大学就推动了硅谷的建设，深圳大学城也应当照这样的目标来办学。”

吴惠琼则解释说，大学城在发展初期没有惊艳的成绩，这个过程也有客观必然性。三校的老师刚从本部“移植”过来，还需要时间适应环境、重新寻找课题，从头开始研究，这需要一个过程。

“深圳人就是对速度太在意了！因为深圳其他领域都发展得太快了，日新月异，其实高等教育也发展得很快，但一和其他领域比较起来，就显得好像慢了。然而，办大学不像盖房子或者抓高考升学率，能立竿见影马上见效。”吴惠琼感叹说。

“加州大学模式”

起初，北大深研院下设的专业都是本部院系的延伸，比如，光华管理学院的金融学硕士、法学院的法学硕士以及一些理工科专业，在本部统一招生后，划拨一部分排名靠后的学生录取到深研院来。

海闻来深圳后不久，在校园里遇到一个曾在本部上过他的课的学生，他就问，“你怎么跑这儿来了？”学生笑笑说，“分不够呗！”学生无奈的表情触动了他，他觉得，这样做是对学生的不负责任。同时，他又感到，深研院的硬件设施不错，比他刚回国创办北大中国经济研究中心时的条件已经好了很多，而深圳这个中国经济最活跃的地方，应该拥有一所一流的商学院。

对于如何办深研院，海闻有一个大胆的想法。在美国加州大学多个分校都学习和工作过的他认为，北大深研院应该走类似于加州大学的模式，即深研院的院系不能是本部院系下面的二级学院，必须是独立的院系。否则，“同一品牌、同一水准”的办学口号就永远实现不了。北大的各院系在深圳办分院，别说要超越本部学院，实际上连本部的水平都不可能达到。