根据协议，深圳市政府实行所谓“差额拨款”，承担45.5%的生均经费，剩下部分由学校承担。但实际上，由于种种原因，北大从来就没有出过钱。不仅北大如此，大学城里的另两家研究生院也是如此遭遇。

为解决困境，海闻想出了赚钱的路子：在汇丰商学院举办收费高昂的MBA和EMBA项目。“一到周末，汇丰商学院门口就停满了各种牌子的豪车，还经常堵车，都是深圳本地的老板来上课。”吴惠琼说。海闻此举收效显著。在这些项目的支持下，汇丰商学院不仅能够自给自足，还能够补贴北大深研院的其他院系。

“我们在夹缝中努力地生存。”海闻在接受《中国新闻周刊》采访时说。在卸任北大深研院院长之后，他留任汇丰商学院院长一职。卸任时他发表了一场演讲，指出北大深研院仍存在的四大问题，其中经费问题位列第一。他说，尽管自己通过亲自抓培训和各种渠道筹资，才保证了这些年预算基本平衡，但显然这种状况并不可持续。“因为深研院规模较小，人均的固定成本就高。其次，由于远离北京主校区，要想吸引与本部相同水平的学生与老师，就要提供更好的待遇，付出更高的成本。”

在创建初期，深圳市的拨款尚可以覆盖深研院的运行费用，且还有一定优势。全军民记得，那时候，招聘一名老师的年薪是30万元人民币，这在21世纪初的人才市场上还是很有竞争力的，但十几年过去了，教师的工资基本没涨。一名“青年千人”在深研院只能拿到三四十万年薪，如果去了南科大，启动年薪能高达六七十万，还能分到租金很低的房子。最近几年，深研院就有好几位教师被南科大、深大挖走。

如果说北大、清华两校深研院是深圳市的“女婿”的话，那么，深圳大学与南方科技大学就是深圳市的“亲儿子”，获得了当地财政的鼎力支持。2017年，既非“985”也非“211”序列的深圳大学的预算总收入高达45亿元，即使与教育部直属的75所大学相比，它也能排到第29名；实际办学还不到5年时间的南科大，总预算也有近23亿元。相比之下，体量跟南科大差不多的北大深研院，2017年的预算收入只有4.5亿元，可谓天壤之别。

由于有了充足的财力支撑，定位为研究型大学的南科大，成了北大深研院在当地有力的竞争对手。全军民说，在他所在的化学领域，在2014年之前，他们院发表的高水平论文数，占深圳发表论文总量的三分之二，远远领先于第二名。但南科大成立后，就迅速占据了第二名的位置，并且与他们的差距正在逐渐缩小。“最近，南科大又在计划购买5000万元一台的冷冻电镜，而我们做个冷冻电镜实验还得去清华排队。照这个势头发展下去，南科大迟早会超过我们，因为他们的条件实在比我们好太多了。”