2005年，海闻以北大副校长的身份出任北大深研院常务副院长；2008年，升任深研院院长。他先创立了一个独立于北大光华和经济学院的商学院，自己同时兼任商学院院长。为办好商学院，他从国外聘请名师前来授课，并与香港大学金融系合作，目标是培养有经济学理论功底的金融人才。

2008年，商学院的第一届毕业生平均起薪18.5万，在国内一炮打响。同年，英国汇丰银行捐赠1.5亿元人民币，支持商学院办学，北大深圳商学院被冠名为北京大学汇丰商学院。

起初，学院只能“捡漏”式招生，即在过了北大分数线但没考上光华和经院的学生里调剂。到了2009年以后，商学院就不再接受调剂，录取分数线已经超过了北大本部的一些院系。“我们现在已经跻身全国最好的商学院之列。”海闻颇为自豪地说。

随即，海闻又创办了国际法学院，聘请美国康奈尔大学原校长担任法学院院长，并重整理工科院系。在海闻给北大深研院定下的16字办学方针里，“交叉学科”得到了最充分的体现。

比如，全军民所在的化学生物学与生物技术学院，综合了化学基因组学、生物学、转化医学等多个学科，以研发新药为导向；汇丰商学院融合了经济和金融两个学科；而城市规划与设计学院则实现了文理交叉。这些都是在北大本部已经固化的教学体系下难以实现的。

海闻解释这样做的原因时说，“短期内，我们要和本部差异化竞争，尽量扬长避短，集中力量，发展一些新领域。但从长远来看，分院和本部的相同专业可以并驾齐驱，例如，加州大学伯克利分校与洛杉矶分校都有经济系，都很牛，这没有什么不可能的。”

与此同时，本部原先在深圳的大部分院系也陆续撤回。到如今，北大深研院共拥有8个院系，全日制研究生规模达到3000人。

不过，学校的定位与机制没有明确，依然是制约北大深研院发展的根本因素。对于北大来说，深研院究竟算哪一级机构？一方面，深研院是独立法人，院长是北大副校长，因此它该是一个副校级的独立校区。但另一方面，深研院的学科发展、招生名额、学位审核等都要通过本部院系和各个部门，又像是一个二级院系。

海闻直言，由于存在着一定的(或潜在的)竞争关系，北大本部相关院系并非都全力支持深研院同类专业的发展。从某种意义上说，北京本部校区跟深研院分别是北大平级的两个校区，本部应该既是“兄长”又是“父亲”，但如果只有“兄长”的心态，当然就把深圳分部看成了竞争对手。