就这么着，康熙还嫌“迁”得不彻底。1664年5月，朝廷又称“时以迁民窃出鱼盐、恐其仍通海舶”，下令再次内迁30里。原本不在迁界之内的广东顺德、番禺、南海及海阳居民，又上演了一轮家破人亡、妻离子散的拆迁悲剧。如此一迁、再迁、三迁，才把沿海无人区的界线基本定下来，最远距离有达二三百里者。那时也搞暴力拆迁，大小官员手持“迁界令”，先定下“迁界”的两端，用绳索拉直，作为铁定的界线。一些居民的房屋不幸建在界线上，划界从中间穿过，便被强行拆掉在界内的一半房屋，剩下半边能否住人，官家一概不管。有的还在界线上掘一深沟，以分内外，稍有跨越深沟、“走出界外者”，便是死罪。清廷派来的巡海使者到新会勘界，更以潮水涌至的河面定为划界的标准，竟然“逼城为界”，使得靠近城郭的肥沃田土全部抛荒。今日繁荣兴旺的广东新会环城、礼乐、江门郊区，那时也列入迁徙范围，一派“万户萧疏鬼唱歌”的惨状。

几次迁界，涉及广东28个州县，深入到田庐连片、农工商业发达地区，被迁士民数百万，抛荒田地共531万亩有余。迁徙之民被迫离开故土的时候，扶老携幼，流离载道，行乞街市，饿死病死，不计其数。江门水南诗人黄居石写有《蓰村行》和《哀江门》，描述当时迁界的惨状。其中有这样洒满血泪的句子：“新朝防海不防边，威令雷行刻不延……惊看村前一旗立，迫于王令催徙急。携妻负子出门行，旷野相对啜其泣。孰无坟墓孰无居，故土一旦成丘圩。此身播迁不自保，安望他乡复聚庐。”福建直接与台湾隔海对峙，执行“迁界”令自然首当其冲。福建官府起初以插旗为界，随即建立木栅、篱笆为界，后来划界的标准越来越高，要求也越来越严格。或是挖掘深沟堑壕，或是用泥土高筑隔离墙，再后来索性征发民夫大兴土木，将泥土筑成的隔离墙改筑为具有法律效应的界墙。同时，沿着界墙按一定距离设立寨和墩，五里一墩，十里一寨，建一寨需3000多两银子，建墩的花费约为建寨的一半。这笔银子朝廷不给，逼着当地百姓自掏腰包，“拷掠鞭箠，死于奔命者不知凡几”。寨、墩建成后，墩由5名兵丁把守，寨由6名兵丁把守，禁止百姓越界去海边，凡违规越界者“杀无赦”。该省靠近广东的东山县，迁界时百姓故土难离，牵衣顿足不肯挪步，官军便大开杀戒，当场被屠戮的居民近3万人。《台湾郑氏始末》一书这样记载，康熙三年（1664年）三月初六，清军大队兵船入东山，“尽驱沿海居民入内地，筑墙为界，纵军士大肆淫掠，杀人山积，海水殷然”。《台湾外志》形容：“东山岛上一时人民失业，号泣之声载道，乡井流离颠沛之惨非常，背夫弃子，失父离妻，老稚填于沟壑，骸骨白于荒野。”康熙十九年宣布复界以后，东山百姓返回家园的幸存者十仅二三。