说也奇怪，康熙有宽大胸襟肯定郑成功对前朝的忠诚，留下一副脍炙人口的挽联：“四镇多贰心，两岛屯师，敢向东南争半壁；诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠。”但他却无开阔视野去接受这个老对手重视经营海洋的成功战略，而且反其道而行之，郑成功爱海他恨海，郑成功视海路为活路，他视海路为绝路。他在与郑家军多年的征战中，居然听了郑氏降将黄梧的馊主意，不但杀郑芝龙坚定了郑成功反抗到底的决心，还继续秉承明朝禁海杜绝民船通匪的败招，进而坚持实施长达20余年的“迁界令”，像赶鸡鸭一样，将世代久居海边的百姓全部撵走，制造了空前绝后的沿海无人区。现在冷静下来分析，清朝开国之初在东南沿海颁布“迁界令”，无论从军事还是政治、经济的角度，似乎都找不出像样的理由来。惟一的解释，就是出身游牧的满清皇室贵胄，因对大海的陌生而产生了对大海的恐惧；或者是太过相信自己在兴安岭、长白山围猎的本领，以为只要有了沿海无人区，就好比在一片草原上张开了大网，逮郑成功会像逮围网中的狍子、兔子。康熙和乃父顺治被深山老林锁住的脑袋瓜怎么也想不到，你把大海当藩篱它就是禁锢你的藩篱，你把大海当通衢它就是任你纵横驰骋的通衢。

顺治十三年（1656年），清政府恼怒郑成功在海边神出鬼没，想够够不着，想避避不开，搬出前朝的禁海政策，严令“寸板不许下海”、“片帆不许入口”，不但禁止渔船、商船出海捕鱼和贸易，也禁止外来船只进入港口停泊，企图将郑家军困死海上。福建和广东沿海居民首当其冲，接着殃及到远在南海诸岛谋生的渔人和商贾，从根本上断绝了这些中国岛民的生计。“禁海令”推开后，虽然尚未强迫迁移，然沿海周环立界，“商贾绝迹”，连鱼盐小径都被堵死。岛上居民顿失生产、生活基本条件，不得不放弃家园内迁，或远逃海外谋生。我们先民本来经营多年的一些岛屿顿时变成渺无人烟的荒岛，这严重阻碍了国家、民族开发南海诸岛的脚步。

1661年3月，郑成功经澎湖顺利登陆台湾，一路所向披靡。清政府急了眼，立刻变本加厉，颁布更为彻底也更为残暴的“迁界令”。朝廷先是派人察看东南沿海地势，画出迁界图纸，随即吩咐两位满清王爷监督地方官府按图作业。头一次“迁界”，从山东至广东，所有沿海各处居民一律内迁50里，所有沿海船只悉数烧毁，片板不许留存。凡溪、河桩栅，货物不许越界，布置兵丁“时刻瞭望，违者死无赦”。1662年，即改元康熙以后，盘踞台湾的荷兰总督签了投降书，郑成功全面收复台湾，“聚岛欢庆”。消息传来，清廷气急败坏，再次颁布“迁界令”，勒逼从广东饶平、澄海、揭阳、潮阳、惠来至廉江、合浦、钦州24州县居民再内迁50里，除澳门外的附近海岛洲港，皆封港毁船，禁止居住。圣旨还谕令将界外地区房屋全部拆毁，田地不准耕种，渔民不准出海捕鱼，出界者立斩不赦。紧接着又下令东起饶平大城千户所上里尾，西迄钦州防城沿边筑墩台、树桩栅，派重兵防守。而迁界时限仅有3天，必须“尽夷其地，空其人”，不愿迁走的居民无分男女老幼一律砍掉脑袋。南粤大地顷刻亡者载道，哀鸿遍野，一片凄风苦雨。据粗略估算，仅粤东八郡死亡人数便达数十万。屈大均在《广东新语》中沉痛地写道：“自有粤东以来，生灵之祸，莫惨于此。”