国民党的更大忧患，还在于与北京政府的政治分歧。曹锟、吴佩孚政权被推翻后，段祺瑞主掌临时政府，上台后旋即筹开善后会议，连日电邀各省要人来京列席，以沟通各方意见。孙中山一派则不甚配合，提出国民会议与之相持。《益世报》通讯称：“段系政客急进善后会议不遗余力，惟民党重要份子，迄未表示赞成之意，殊属一大难题。”段祺瑞积极向各民党要人疏通，请其“勿再坚持召集国民会议”（《益世报》1925年1月1日）。国民党态度则颇强硬，不仅派员赴各地宣传国民会议，以扩大影响，中央执行委员会更发表宣言称：“废除不平等条约运动，为今日民族求独立解放之唯一途径，乃实现本党政策之第一步与以党建国之第一步，故必以此提出国民会议，任何诬蔑、威胁皆不暇顾。愿同志及国民矢诚拥护。”孙中山秘书黄昌谷且向记者表示：“善后会议但可代表各面领袖式之名流、政客、军阀等少数人之意见，比之由农、工、商、学各团体及全国人民所召集之国民会议能代表真正民意者截然不同；中山先生是否加入善后会议，第一须以病体之能否速愈为前提，且必须以该会议是否确能解决各种纠纷为断。”（《京报》1925年1月6日）面对北京政府的恩威并施，乃至需以中山之病为辞，也反映了民党的应对乏术。

内部方面，国民党也因联俄政策产生了左、右派的路线争执。不仅多有时论“加孙先生以赤化之恶名”（《顺天时报》1925年1月18日），汪精卫、胡汉民、廖仲恺等民党要人更常被断言为共产党人。国民党中反共风潮也因之而起，先有冯自由等人成立“国民党海内外同志卫党同盟会”，意在“防止赤化”，并上书中山，主张凡信仰共产主义者均当废黜党籍。（《晨报》，1925年1月7日、14日）随后谢持、张继等人又对“共产派”提出弹劾，“国民党护党同志驻京办事处”特为此召开会议，“冀全党同志，奋起注意，共图挽救”。黄埔军校中，也有学员组织“孙文主义学会”，进行反共活动。孙中山不期而至的病情，也使这番请形蒙上了阴影，有评论称：“现中山尚健在，而内部之讧争，已如此甚剧烈，一旦不讳，则其分裂，殆为当然必至之事实也。”（《香港华字日报》1925年1月15日）而关于国民党的继任总理问题，在各报的报道中，不仅汪、胡竞争日益激烈，与廖仲恺之间的明争暗斗也多被“披露”，“太子派”的孙科不仅和汪精卫“积不相能”，与胡汉民等“元老派”更是矛盾颇深。此类报道固多揣测之辞，未可尽信，然国民党党内问题难以定夺，确是显而易见的事实，如时论所言：“环视党中人才，实无一人足继孙文者。”（《晨报》1925年2月11日）