始于两个人的恩怨
联邦调查局（FBI）与中央情报局（CIA）这两大谍报机构的紧张关系，可以追溯到二战时期埃德加·胡佛领导的FBI和威廉·多诺万麾下的战略情报局（中情局前身）互相瞧不上眼。
1939年二战爆发后，胡佛严防其他竞争机构介入他的情报领域，因此经常与海军情报局和陆军情报局发生纠纷。为加强国内管控，美国总统罗斯福于1940年6月赋予胡佛国内调查的管辖权，从此胡佛的地位便不可动摇，但对外情报工作却给他带来挑战。1941年初，13个不同的机构源源不断地将国外情报送进白宫，罗斯福面临一个建立情报秩序的紧迫问题。同年夏天，罗斯福派一战英雄多诺万出国考察，后者随后建议成立一个新的机构，全面负责海外情报活动并监督对外宣传。
稍后，珍珠港事件爆发，尽管后世对美国是否事先知道日本的偷袭计划有所争论，但在当时，这场灾难性事件被认为是FBI的重大情报失误，美国媒体甚至写道，“国内的超级侦探、联邦调查局局长埃德加·胡佛成为众矢之的”。胡佛则称“夏威夷事务的管辖权主要属于海军”。在这种情况下，美国决策者们决定“集中化”情报组织。1942年6月，战略情报局成立，多诺万任局长。这是美国第一个统一的中央情报机构。
大战期间，多诺万与胡佛的矛盾甚多。1942年10月，当多诺万手下的特工潜入西班牙驻墨西哥使馆偷拍一本海事密码簿时，FBI的人也赶到。警报嘶鸣，红灯忽闪，战略情报局的人只好逃走。多诺万对此大为恼火。1943年，多诺万提出战略情报局与苏联内务人民委员会建立联系的计划，胡佛听到风声后，立即致信白宫，警告这样做会“对本国内部安全构成严重威胁”。最后该事件不了了之。1944年11月，多诺万向罗斯福提议将战略情报局改组为一个新的对外情报局，即现在的中情局，直接对总统负责。由于该消息被泄露，建议没有实施。多诺万确信是胡佛从中作梗，历史学家们也同意他的看法。
围绕苏联叛逃特工角力
二战结束时，胡佛无可争议地成为美国国内情报机关的首脑，在战后海外情报的未决竞争中也获得同等机会。但1946年1月，新总统杜鲁门下令组建中央情报组，一年多后，成立中情局。两大机构一个主内，一个主外，但产生矛盾仍然在所难免。
美国一些历史学家认为，联邦调查局和中情局之间的“联络问题”造成了1963年肯尼迪遇刺的悲剧，而两者之间的内斗更是妨碍了调查的展开。这起事件聚焦点在于苏联叛逃特工尤里·诺申科。1962年，他带着外交使命前往日内瓦，同中情局取得接触。诺申科提出只要少量钱就能为中情局服务，还自称是克格勃某部门的副部长，并提供了一些情报。1964年，诺申科声称自己已经暴露，然后在中情局安排下逃往美国。
