争论二：日本是受害者还是侵略者
史密森学会展览的陈列中有很多广岛市政府提供的实物和图片展板，控诉了核武器的非人道性。其中有很多“核爆心投影点”的图像和实物：父母和孩子被烧成灰烬，痛苦挣扎中的受伤者，数代人遭受核辐射的毒害，因核爆炸和热辐射而熔化变形的十字架，停顿在爆炸时刻的怀表，破损的女生校服，扎入被害者肉体内的玻璃碎片，等等。展览让观众身临其境，感受到原子弹爆炸的破坏力和恐怖效应。
然而，什么原因导致了这场悲剧，展览的陈列和解说却语焉不详。展览传递出这样的信息——日本是战争的受害者，美国是丧心病狂的侵略者、惨无人道的报复者，原子弹的使用是核时代人类恐怖和美苏冷战的起点。
当时美国媒体和一些老兵组织指出，历史的真相是，日本偷袭珍珠港，把战争强加于美国，菲律宾的陷落以及随后对盟军战俘的屠杀，驱散了对日军兽性的最后一丝怀疑。原子弹给广岛和长崎造成近30万人死亡，但惨无人道的日军又屠杀了多少其他国家的平民呢？仅在中国就造成约2000万人伤亡。1945年日军即将被美军驱出马尼拉时，又对平民进行疯狂大屠杀。
二战老兵强烈要求对展览陈列作出修改：增加日军偷袭珍珠港及日军在二战中各种战争暴行的内容，不提与此事关系不大的冷战起源、核军备竞赛，全部撤除“核爆心投影点”的死者和挣扎者的惨不忍睹图像。
争论三：原子弹拯救了多少人
策划展览的专家学者们认为，根据研究，如果进攻日本本土，美军伤亡人数不太可能高达100万人，估计可能只有4.6万人死亡。使用两枚原子弹，却在广岛和长崎两地造成30万军民死亡。
对这种看法，美国退役空军少将查尔斯·斯韦尼(广岛轰炸中担任“伊诺拉·盖伊”号的领航员)批评说：“有一种理论认为，如果盟军进攻日本本土，我们的伤亡不是100万，而是只要死上4.6万人就够了。只不过是4.6万!你能够想象这种论调的冷酷吗？好像这些是无关紧要的美国人的生命。”
当年美军在日本登陆的作战计划分别是“奥林匹克行动”和“小王冠行动”，动用兵力高达250万。前者计划于1945年11月1日开始，目标是占领九州岛南部;后者计划于1946年春实施，目标是直接迫近东京的关东平原。基于硫磺岛、塞班岛、冲绳岛战役的惨重伤亡，美军假定“进攻所遭遇的抵抗将不仅只来自有组织的军事力量，而且还包括狂热的敌对民众”。因此，巨大的伤亡将不可避免。具体伤亡数字，当年没人能给出确切答案。但事隔50年后，史密森学会专家关于4.6万人阵亡的估算显然过于离谱。
