罗森克鲁兹出生于图林根的贵族之家，举家遭灭门之后被迫流亡各地，他在那些地方学习古老的神秘主义哲学思想并获得启迪。在十字会的典籍《化学联姻》（The Chemical Wedding）中，罗森克鲁兹创制出一个人造新娘和一个人造新郎，并通过炼金术使他们结婚、死亡，以至复活。罗森克鲁兹于一百零六岁时去世，他被会友埋入坟墓并将十字会的秘密一同带了进去——这些秘密直到1604年在他的坟墓重新打开时才大白于天下。总体而言，蔷薇十字会实践的是炼金术，但仅仅局限于炼金术的精神层面，而非实验室的物质实践。但是他们开创了将精神目标与科学相结合的尝试。这一种介于宗教与科学之间的实践方式，显然受到当时科学巨匠如牛顿（物理学家、炼金术士）、开普勒（天文学家、占星术士）等人的影响。事实上，在十七世纪初中期，蔷薇十字会声望是如此煊赫，以至于若干科学史家认定成立于1660年的世界上第一家科学研究组织“伦敦皇家学会”就是效仿蔷薇十字会的理念而建立，即致力于在哲学人士和知识群体中共享知识。当然，随着科学革命的兴起，科学与宗教渐行渐远，终至分道扬镳，炼金术也和巫术、占星术一样被打入冷宫。

迄今为止，蔷薇十字会的公开出版物只有一本名为《法玛》（1614）的小册子和一本传达其基本教义的《兄弟会训谕》。书中建议，全世界的学者应该联合起来，为建立一门综合科学而努力，将天启“兄弟会”发扬光大。历史学家深信此一主张明显受到赫尔墨斯主义和新柏拉图主义思想的启发。如新柏拉图主义者、英国诗人埃德蒙·斯宾塞在1590年出版的长诗《仙后》中，便曾提及一位受到天启的英国骑士，名为“红十字”；莎士比亚在他晚期戏剧的代表作《暴风雨》中对魔法、占星以及蔷薇等十字会“征信之物”亦有巧妙暗示与刻画。总而言之，蔷薇十字会的成员多为当时社会精英，其信奉神秘力量的异端思想及其诚信无私的行事方式（他们对穷人实施免费医疗），皆有意无意碰触到天主教会敏感的神经。在天主教长期占据统治地位的法国，一向以反宗教改革为己任的耶稣会更将其视为不共戴天的仇雠，必欲除之而后快。在这样的情势下，生性怯懦如笛卡尔，闻之焉能不跑？

避地荷兰的哲学家将科学研究的对象从外部转向自身，但研究的结果却令他大感震惊。有人形容他的后半生是“戴面具的哲学家”——他不得不将他的思想隐藏在奇怪而模糊的词义之中。他大胆地为哲学找到一种极端的新证据，却又被它的极端性吓倒，被迫转回到旧思想和旧信仰的轨道——可能处于历史转折期的哲学家大多如此，尤其是对瞻前顾后、难以决断的笛卡尔而言。毋庸置疑，笛卡尔在数学和哲学这两个领域都做出了卓越贡献：他尝试将数学的精确方法运用到哲学中，使哲学像几何学一样确定和明晰，改变了因不确定性而造成的意见纷争。正如他本人所说，他在这方面的努力，就是为了给整个哲学体系寻找一个坚实的基础。他一直坚信：人们只有通过进入自己的心灵，用一种神秘的直觉，进行自我反思，才能真正体验到上帝的存在。在这里，笛卡尔明显借鉴了新柏拉图主义和奥古斯丁的心灵直觉。但诚如罗素所言，笛卡尔小心翼翼地躲避着神学上的谴责，发展起一个宇宙演化论，看似与柏拉图时代的观念并无不同，其实大相径庭：前者强调宇宙秩序和谐与定命，而后者的混沌宇宙则既无中心亦无边界，再也不是上帝为人类创造的宜居家园。由此不难看出，笛卡尔的物理学一旦公之于世，必定会在相当范围内引发人生观与价值观的革命。这样人们也许就能够理解，为什么笛卡尔至死也不敢让经院哲学派的神学家知晓《第一哲学沉思集》与他的物理学有关；为什么罗马教廷让伽利略宣布放弃他的学说时，笛卡尔吓得几乎要烧掉压在箱底的《论世界》手稿；为什么他一辈子都在逃离天主教占绝对统治地位的祖国，并最终客死他乡。