1650年，为躲避反对派的攻讦，他接受瑞典女王克里斯蒂娜的邀请寄居她的王宫——代价是他必须改变自己的生活习惯。此前，他一般从中午才开始工作（罗素说他白天以闲暇示人，一定是半夜里用功，否则不可能作出如此巨大的成就），而精力旺盛、日理万机的女王只能在凌晨五点抽空与他探讨哲学问题。笛卡尔感慨地说，瑞典是个“熊的国家，处于岩石和冰块之间”，他打算离开，又顾虑重重。他很快染上风寒，并转成肺炎。他既不肯服药（担心宫廷的政治对手毒杀），又不肯接受当时流行的放血疗法，而是服用他自行调配的烈酒（他无端地相信烈酒可以逼出他体内的毒素），终于不治而亡。更为可怕的是，1663年，他的著作在罗马和巴黎被列入梵蒂冈教皇颁布的禁书目录。直到1740年，教廷才宣布解除禁令。而他也如愿以偿获得教廷追封的“礼遇”。

毫无疑问，笛卡尔身上一直存在某种动摇不决的两面性：一面是他从同时代的科学中学来的东西，另一面是耶稣会学校传授给他的经院哲学。这种两面性让他时常陷入畏首畏尾的两难境地，此即为罗素所言之“懦弱”——凡人谁也无法逃脱自己的环境与时代。然而，这一种矛盾或懦弱反过来也恰恰成为他丰硕思想的来源，成为古今任何一位其他哲学家难以企及的一种优势。用罗素的结语：“自圆其说也许会让他仅仅成为一派新经院哲学的创始者，然而自相矛盾，倒把他造就成两个重要而背驰的哲学流派的源泉。”——历史的吊诡之处，大抵如此。