清政府在与廓尔喀一边沟通协调的同时，也一边从临近省份调兵遣将。然而由于乾隆一直以为廓尔喀的入侵是事出有因，来源于西藏地方官员的苛取商人物件、擅自加税等行为，因此主战的意愿并不十分强烈。

另一方面，西藏地方官员由于担心与廓尔喀全面爆发战争会伤及其在本地的利益与权势，也并不持有强硬的立场，甚至开始私下里与廓尔喀进行和谈。

更为可悲的是，前线的将领也害怕承担战事失败的罪责，便利用西藏地处边疆，信息传递不畅的特点，夸大前线的战事情况，虚报军功。当廓尔喀军队因为西藏地方官员提出议和而裹足不前时，前线将领便将这一现象谎报为打仗得胜，使得敌方军队难以再向前一步。

乾隆帝及中央政府便屡次被此类虚假信息所蒙骗，导致战机贻误。迟误不实的情报也造成了指挥调遣的混乱，当皇帝命令四川停止派兵时，四川正在按照最早的谕旨大批派兵；而当皇帝重新发布派兵谕旨时，四川又在按过时的命令停止发兵。乾隆帝对这种混乱状况努力改进，令四川总督加快情报传递，但也无法根本改变这种情况。

就这样，在一片欺上瞒下与议和呼声高涨的氛围中，廓尔喀与西藏地方官员签订了和约。双方规定，廓尔喀撤出西藏边界，而西藏方面许给三百个元宝，共计一万五千两白银。所谓的“议和”，事实上成为了赔款赎地，不仅国家尊严与领土完整受到了损害，更在事实上进一步助长了廓尔喀的野心。

然而，信息传递的不畅与官僚弄虚作假的手段，却使得这一次议和在乾隆面前完全成为了另一番模样。明明是议和谈判，可是清朝的官僚将领们硬说廓尔喀是归顺投降。清朝官僚将领们急思撤兵回内地，甚至支持西藏地方当局与廓尔喀进行谈判，尤其是钦命大臣、主持全局的巴忠更是再三催促，不惜代价，要达成协议，甚至为此瞒报“赔款赎地”这一事实。

最终，第一次廓尔喀战争的烽火平息了，但是却埋下了一个更大的隐患。清廷认为廓尔喀是畏惧乞降，廓尔喀人则认为清廷是纳银赎地。双方都认为自己是这一次战争的胜利者，而廓尔喀人的扩张野心，却永远不可能得到满足。

三、反击

乾隆五十五年（1790年），廓尔喀派人讨取“赎地”的三百个元宝遭到拒绝。