紫竹院湖与长河相通，这种湖泊是藏坞换船的理想水域。紫竹院湖又邻近广源闸，特殊的地理位置正好为皇室出游提供了极大的方便。皇帝乘船出游，史书早有记载，如记述元代历史的《析津志》中载：“肃清门广源闸别港，有英宗、文宗二帝龙舟。”

《燕石集》也载：

“英宗、文宗两朝御舟，藏广源闸别港。”

元史卷一百八十五《蓋苗传》也载有：

“文宗幸护国仁王寺，遂泛舟玉泉。”

在当时，紫竹院又被称作“别港”。自元朝起，帝后乘龙舟出游西郊时，都要在“别港”过闸换船。

乾隆十六年（1751年），为崇庆皇太后庆祝六十大寿，修缮了清漪园，将瓮山改为万寿山，西湖改名昆明湖。当时皇帝和太后到清漪园游幸都是沿长河坐船前往，太后在倚虹堂弃辇登舟，到了广源闸由于水位有高差，船不能通过需要换船，所以要在广源闸东侧的紫竹院行宫码头下船，在行宫休息，或到紫竹禅院进香，然后乘轿辇到广源闸西侧万寿寺码头登船继续前往清漪园。

为了使太后的生日庆典更加完美，所以在长河两岸也是大兴土木，也就是在这个时候开始修建紫竹院行宫。乾隆十六年（1751年），清政府专门设立“长河工程处”，全面规划并完成清挖河底、局部拓展河道、整修泊岸、修建行宫和码头等工程。中国第一历史档案馆所藏《内务府奏案》中记载行宫修建规模和银两来源：具体工程有“小白石桥开挖湖泡一处，新建抱厦正殿一座，计四间房，方亭一座，六角亭一座，游廊六间，平桥一座，码头一座，船坞一座计十八间，平桥一座”。总计有三处湖泡，房屋75间，6座亭，37间游廊，4座平桥，2座码头和一座船坞。工程款来自各地进贡的银两，其中“两淮银二十五万两、两浙银五万两、广东银三万两、福建银三万两，以上各处通共恭进银三十六万两”，其中“长春桥至小白石桥湖泡等处用银五万一千九百七十六两九钱一分”。长河两岸行宫大规模的整修每隔十年左右进行一次，贯穿整个乾隆朝，可见当时朝廷对包括紫竹院行宫在内的长河两岸的重视。