摩托车加装后三箱究竟算不算非法改装？

不算。后三箱不是固定不可拆卸的非法改装，只是用来承载的可拆卸的货物行李，符合法律规定。如果交警坚持要处罚，车主可以申请行政复议，或向法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

非法改装的相关规定：

按照《机动车登记规定》，未经申请登记改变机动车品牌、型号、发动机型号，改变已登记机动车外形和有关技术数据的都属于非法改装。

不能随意改装：

任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。