一是落实党中央决策部署不坚决不彻底。甘肃省委和省政府没有站在政治和全局的高度深刻认识祁连山生态环境保护的极端重要性，在工作中没有做到真抓真管、一抓到底。2016年5月，甘肃省曾经组织对祁连山生态环境问题整治情况开展督查，但未查处典型违法违规项目，形成督查报告后就不了了之。甘肃有关省直部门和市县在贯彻落实党中央决策部署上作选择、搞变通、打折扣，省安全监管局在省政府明确将位于保护区的马营沟煤矿下泉沟矿井列入关闭退出名单的情况下，仍然批复核定生产能力并同意复工。张掖市委认为祁连山生态环境保护整改落实工作不属于市委常委会研究的重大问题，市委常委会没有进行专题研究部署，并在明知有的项目位于保护区、违反保护区管理要求的情况下，仍多次要求有关县加快办理项目手续。

二是在立法层面为破坏生态行为“放水”。甘肃省有关方面对“五位一体”总体布局和新发展理念认识不深刻，片面追求经济增长和显绩，长期存在生态环境为经济发展让路的情况。《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》历经三次修正，部分规定始终与《中华人民共和国自然保护区条例》不一致，将国家规定“禁止在自然保护区内进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙”等10类活动，缩减为“禁止进行狩猎、垦荒、烧荒”等3类活动，而这3类都是近年来发生频次少、基本已得到控制的事项，其他7类恰恰是近年来频繁发生且对生态环境破坏明显的事项。2013年5月修订的《甘肃省矿产资源勘查开采审批管理办法》，违法允许在国家级自然保护区实验区进行矿产开采。《甘肃省煤炭行业化解过剩产能实现脱困发展实施方案》违规将保护区内11处煤矿予以保留。张掖市在设定全市党政领导干部绩效考核时，把2015年和2016年环境资源类指标分值分别设为9分和8分，低于2013年和2014年11分的水平。

三是不作为、乱作为，监管层层失守。在祁连山生态环境保护方面，甘肃省从主管部门到保护区管理部门，从综合管理部门到具体审批单位，责任不落实、履职不到位问题比较突出，以致一些违法违规项目畅通无阻，自然保护区管理有关规定名存实亡。省国土资源厅在2014年10月国务院批复甘肃祁连山国家级自然保护区划界后，仍违法违规延续、变更或审批14宗矿权，性质恶劣。省发展改革委在项目核准和验收工作中，以国土、环保、林业等部门前置审批作为“挡箭牌”，违法违规核准、验收保护区内非法建设项目。省环境保护厅不仅没有加强对有关部门工作的指导、监督，反而在保护区划界确定后仍违法违规审批或验收项目。省政府法制办等部门在修正《甘肃祁连山国家级自然保护区管理条例》过程中，明知相关规定不符合中央要求和国家法律，但没有从严把关，致使该条例一路绿灯予以通过。