但成绩也掩盖了诸多问题。由于很多河南地市把“命案必破”当成硬指标，因此对一些难以侦破的案件，采取一定的手段，以提高命案侦破率，如隐瞒、不破不立、或是让精神病人、智障者、重刑犯顶罪。河南检察系统一位官员向《中国新闻周刊》回忆，许多案子证据不足，不足以提起公诉，但后来也稀里糊涂判了。近年来，胥警祥案、赵作海案，以及“商丘男子涉奸杀被羁押10年”等案陆续曝光，河南公安系统的“命案必破”制度饱受质疑。

2013年10月，秦玉海刚刚离开公安系统进入人大，河南省就出台了《关于进一步加强和改进刑事执法工作切实防止冤假错案的十项措施》，要求废除“破案率”等指标，防止冤假错案。

失败的警务改革

2010年，秦玉海一手推动了“撤销公安分局、做大派出所”的河南警务改革，通过减少指挥层级，将警力集中到基层，以提高警务效能。

表面上看，撤销各县市的公安分局，基层派出所由市公安局直接管辖，打破了市局—分局—派出所的三级管理模式，确实有利于解决机构臃肿问题。但实施之后，却事与愿违。

一位基层民警向《中国新闻周刊》分析，原来分局的办公室、后勤、政工、纪检等部门，在重组后的派出所里，各有一套人马，各派出所的此类人员叠加，最终远远多于以前分局的人员数量。他以郑州市金水区分局为例，改革后，金水区分局分为7个派出所，“有的派出所上百人，而真正下基层的民警反而更少了”，最终造成了派出所机关化。

管辖范围是另一个难题。有时一条路归几个派出所管，协调指挥难度加大。此外，根据相关法律，只有县级公安机关才能与检察院、法院交接案件，派出所无权交接。为此，部分派出所又挂上公安分局的牌子，在派出所所长的抽屉里有两个章，一个所长章，一个局长章。