界面新闻记者还注意到，修改过后的环评报告中，原版本中“本工程建设与深圳市基本生态控制线相兼容”，改为了“本工程占用部分基本生态控制线，应进一步协调”。上述工程师告诉记者，他们从政府相关部门了解到，深圳市基本生态控制线在以前划定的时候存在一些问题，填海项目确实占用基本生态控制线，目前正在协调。
但魏翰扬不认同环评单位的说法。他表示，把责任推给设置基本生态控制线一方是不合理的，控制线内确实有特别需要保护的动植物，环评单位应该促使建设单位完全遵守基本生态控制线的要求，而不是设法帮助建设单位绕开或调整生态线，政府部门更应该捍卫这一条线。
基本生态控制线冲突区域比照图。图来源：CECA被忽视的白海豚
深圳另一个填海项目——深圳机场三跑道扩建项目填海工程，因与中华白海豚出没区域存在交叠而变得备受关注。
根据中国电建集团华东勘测设计研究院有限公司对该项目作出的环评报告简本，深圳机场三跑道扩建工程项目位于宝安综合作业区与机场作业区之间，该项目工程规划用海总面积约为439.8万平方米，陆域形成面积约365.9万平方米。
实际上，深圳机场三跑道很早就已规划好，机场外面有一条广深沿江高速，要填海的就是机场和沿江高速之间的地带，机场早期也预留了这个位置。
环评报告指出，该工程对海水水质、周边海域环境、陆上施工区周边环境、沉积物环境以及区域鸟类生存环境的影响均有限。施工期间对渔业资源的影响主要为悬浮物扩散。高浓度悬浮颗粒将直接对海洋生物仔幼体造成伤害，但施工对渔业资源的影响是暂时的、可逆的。
魏翰扬也对该项目的环评报告提出了质疑，他指出环评报告中存在评价疏漏：没有提及项目对珍稀物种中华白海豚的影响，尤其是机场填海处恰是白海豚出没频率比较高的位置。
1999年，国家在珠江口海域建立中华白海豚自然保护区，位于珠江口北端，属珠海市水域范围内，总面积460平方公里，东界线为粤港水域分界线，核心区面积140平方公里，缓冲区面积192平方公里，实验区面积128平方公里。
“虽然人类为中华白海豚划分了保护区，但白海豚并不知道保护区在哪里，保护区只是保护了一部分，而海豚的活动范围包括了整个珠江口，有很多保护区以外的区域也有白海豚出没。”魏翰扬说。
