深圳市海洋新兴产业基地项目环评报告出来后，CECA联合创始人魏翰扬一直与环评机构进行沟通。他告诉界面新闻记者，这份环评报告多处信息不全，环评报告中没有提及填海区域内存在受保护的红树林，根据《海洋环境保护法》，是不允许砍伐和破坏红树林的，但环评简本对此只字未提；而且在《海洋生态保护措施》《陆地生态保护措施》中也均没有提到如何保护红树林的措施。

根据《深圳特区报》2015年3月报道，深圳在近30多年来，经过几轮城市发展建设，深圳全市的红树林面积从原先的8000多亩锐减到2500多亩，填海、造楼、砍伐、污染、大规模的海水养殖、围垦养殖对红树林湿地造成了相当大的破坏。

目前，深圳的红树林在西部、东部和中部海岸都有分布，因为西部海岸的水很浑，所以相对容易形成滩涂，也容易形成一些红树林，在早年的时候深圳西部大规模填海，已让红树林面积减少了大半，现在只是留下最后为数不多的一部分。

“填海区域影响到红树林，就会牵涉到鸟类，因为鸟类迁徙的过程中，需要滩涂为它们提供一些食物的补充，滩涂上生活着包括贝类、螺类等很多无脊椎动物，以及很多鱼类。鸟类都是靠吃那些生活的，红树林则为它们提供一些栖息地。”广东省海洋开发研究中心特聘专家王炳说。

让候鸟飞公益基金调查部负责人田阳也向界面新闻记者表述了相同的观点，他指出，候鸟中很多都是阶梯式迁徙，如俄罗斯西伯利亚的候鸟到中国南部沿海去过冬，在天津的候鸟到澳大利亚去过冬，深圳作为中转站，是长距离迁徙的鸟类的一个非常重要的“加油站”，因此填海工程建设过程中应该保护好红树林。

7月13日，界面新闻记者发现，环评单位中国电建集团华东勘测设计研究院有限公司官网上的该项目环评公示已作出了修改，增加了“生态湿地区内红树林应永久保留，施工期间避免对其造成破坏”等语句。

记者致电中国电建集团华东勘测设计研究院有限公司，该单位负责环评工作的郭姓工程师表示，因为当初公布简本的时候比较匆忙，没有把这一块内容写上去，收到这些反馈之后，更改了环评报告内容，已经补充上去了。

该工程师说，在建设填海项目时，成片的红树林将作为一个生态湿地保留起来，但是对于养殖塘上零星的红树林，有部分可能会被破坏。“在环评中，我们也会尽量多提一些保护措施，保护这些零星的红树林。”