次年（1791年）七月，廓尔喀以“爽约”为由再次挑起战争，大规模入侵西藏。

短短十几天之内，廓尔喀先后占领聂拉木、定日、萨迦、济咙等地方，七世班禅的驻地，藏传佛教圣地、后藏的政治宗教中心扎什伦布寺惨遭洗劫。七世班禅被驻藏大臣慌忙移往拉萨，幸免被俘。

整个后藏地区，遍地狼烟。

八月，依惯例在承德避暑的乾隆帝得到前线急报，得知廓尔喀竟然再次越境攻藏，并在沿途大肆劫掠。同样得知消息的前驻藏大臣，正服侍乾隆左右的巴忠，自知罪责难逃，遂畏罪自杀。

盛怒之下，乾隆总结上一次廓尔喀战役的经验教训，决意调集重兵赴藏，以图永杜边衅，以绝后患。

驻藏大臣保泰、雅满泰，四川总督鄂辉、成德先后因怯懦不为、贻误战机被革职查办。十一月，清廷任命当朝第一名将福康安为大将军，率1.7万余大军，分三路进藏讨伐。

福康安深知乾隆对此次战事的关切，慨然领命，轻装简从，决定火速入藏。

当时的入藏路线主要有两条，一是由北京经四川到拉萨，约13000里。二是由北京经青海至拉萨，约8800里。虽然青藏路距离较短，但由于此路出西宁后大多地处高寒缺氧地区，人烟稀少，冬季不少地方大雪封山，绝非进藏的首选路线。

然而前线战事紧急，福康安还是决意由青藏线入藏。入藏援军不畏艰险，日夜兼程，自乾隆五十六年（1791年）十二月初一自西宁出口，于乾隆五十七年（1792年）正月二十日抵达拉萨，除去前后耽延11天外，实行39天。

而此路程，平日喇嘛等行走，往往需要花费100余日。

福康安军队抵藏后，迅速投入到对廓尔喀侵略军的战事之中。清军以突袭辅以抛掷火弹柴草、挖地道爆破等战术，于三月的拍甲岭一战大破敌军，其后顺利收复聂拉木。

五月，福康安军队一路所向披靡，在进剿济咙的战役中，不断用大炮轰击敌军堡垒，结合悬梯登寨等战法，历经一番苦战，取得杀敌600余名，俘虏200余名的战果。至此，清军完全收复被占领的领土。

同年七月，根据乾隆所颁除非攻占廓尔喀国都阳布（今加德满都），否则不准接受其乞降的谕旨，福康安率领大军由济咙攻入廓尔喀境内。

大军沿路攀险山石崖，过独木偏桥，穿密林深谷，在极端恶劣的气候条件下，日夜兼程，长途奔袭，六战六捷，歼敌4000余人。