阮仪三的“执着”是出了名的。2000年，为了发展周庄的旅游，苏州市规划修建一条公路，准备从周庄的西北侧穿镇而过。一直关注周庄保护，曾主动上门为当地政府送上规划方案的阮仪三认为，这条路显然会破坏周庄的整体格局，坚决反对。阮仪三说，实在没办法了，开路的话，我就躺到马路上去，让汽车把我轧死算数，“该骂的就要骂，骂就是用比较激烈语言让他晓得痛，同时，其他看骂的人也觉得骂到点子上也痛快，也能受到教育，假如用比较平婉的语气，他还不觉得这是问题。”

生活在上海，任教于同济，阮仪三对上海的古建筑保护格外关注。上海外滩号称“万国建筑博览会”，但也同样纠结着城市发展和遗产保护的矛盾。什么样的建筑可以进到外滩，阮仪三的眼里揉不进沙子，“有几幢楼，一幢联谊大厦，一幢金陵大厦，一幢文汇报大楼，这三个楼破坏了老外滩传统的轮廓线，这三个房子都应该腰斩、杀头。报纸上登了，所以这也引起人家跳起来，设计这三个房子的两个老先生都打电话给我，‘阮仪三，你胆子这么大？我杀你的头。’我也不回答他，但是这么说以后外滩再也没进来了。”

上海北外滩舟山路附近的提篮桥地区，曾是二战期间2万多犹太人逃离纳粹魔爪的中国避难所，这条有着重要历史文化意义的诺亚方舟，当初若非阮仪三及时插手，只怕也难逃被拆的命运，“我自己看见了是隔壁的一个教研室，有两个老师在那里画那个地区的规划图，我说‘这块地是虹口地区的？’他说是，我问这要规划犹太人保护区吗？他说上面没有关照我们保护，我就去查了，一查果然没有，我觉得应该补上，没有人管那就我管。”

看得见还要留得住，有些地方的古城和古建筑虽然留下来了，但过度的商业化却让其失去了原有的风貌。凡此种种，阮仪三从不客气。有人当面跟他讲“阮老师，这个事情你不要来多管闲事，你保护住这些古城就完成你的任务了。”阮仪三对此很感慨：“我们保护的目的是什么？是为了留存祖国优秀文化遗产，顺便才发展了旅游，但是这一下子路就走偏掉了。所以我们现在看到很多的城市，我觉得很悲哀，千城一貌，万屋一面。”