三十九、双方将探讨在包括信息科技、卫生、海关、研发、教育和其他领域的合作，使两国共同受益。

四十、双方就涉及南海的问题交换了看法。双方重申争议问题不是中菲双边关系的全部。双方就以适当方式处理南海争议的重要性交换了意见。双方重申 维护及促进和平稳定、在南海的航行和飞越自由的重要性，根据包括《联合国宪章》和1982年《联合国海洋法公约》在内公认的国际法原则，不诉诸武力或以武 力相威胁，由直接有关的主权国家通过友好磋商和谈判，以和平方式解决领土和管辖权争议。

四十一、双方回顾了2002年《南海各方行为宣言》和2016年7月25日于老挝万象通过的中国－东盟外长关于全面有效落实《宣言》的声明。双方承诺全面、有效落实《宣言》，愿共同努力在协商一致基础上早日达成“南海行为准则”。

四十二、双方同意继续商谈建立信任措施，提升互信和信心，并承诺在南海采取行动方面保持自我克制，以免使争议复杂化、扩大化和影响和平与稳定。 鉴此，在作为其它机制的补充、不损及其他机制基础上，建立一个双边磋商机制是有益的，双方可就涉及南海的各自当前及其他关切进行定期磋商。双方同意探讨在 其他领域开展合作。

四十三、中方支持菲担任2017年东盟轮值主席国。双方对过去25年来中国－东盟对话关系的发展感到满意，重申对地区架构中坚持东盟中心原则的承诺。中方重申支持东盟一体化、东盟共同体建设和东盟为实现“东盟2025：携手前行”愿景文件目标所作的努力。

四十四、双方同意进一步加强在联合国、东盟地区论坛、亚太经合组织、亚欧会议、世界贸易组织、联合国气候变化大会及其他地区和国际组织中的合作。

四十五、双方重申恪守《联合国宪章》宗旨中的主权平等、不干涉、不干预原则，强调共同致力于通过在双方均参与的主要人权机制中开展对话合作来保护和增进人权。

四十六、双方支持通过必要和合理的改革加强联合国的作用，并主张推动落实发展问题、维护发展中国家合法权益、加强发展中国家在国际事务中的发言权和代表性，应成为联合国包括安理会改革的重点，不断增强发展中国家在联合国决策过程中的作用。

四十七、杜特尔特总统对中方给予的热情接待表示感谢。杜特尔特总统邀请习近平主席在方便时访问菲律宾，习近平主席愉快地接受了邀请。杜特尔特总统也表示欢迎中方领导人出席2017年东亚合作领导人系列会议。