耀先在兰州军区空军工作了9年之后，1987年又调回北京军区空军工作。1990年被任命为北京军区副司令员兼北京军区空军司令员。他深知担子重，责任大。在耀先的领导下，军区空军各方面的工作都有起色。1991年，北京军区空军代表空军参加军委、总部对驻京10个军以上单位，贯彻落实“三大条令”的检查评比，北京军区空军总评第一名，圆满地完成了空军首长交给的任务。

美满的婚姻与家庭生活

早在1955年底，《航空》杂志封面上曾刊登一位飞行员的照片，这位潇洒英俊的年轻人就是耀先。当时在辽阳东北第6纺织厂工作的纺织女工们看到这张照片，都不约而同地投以爱慕的眼光。正巧耀先作为英模代表到第6纺织厂做报告，有个名叫毛玉芳的姑娘就暗暗地喜欢上他了。那时候，毛玉芳是工厂的团委书记，先进工作者，又刚刚考上青岛纺织大学。可为了爱情，毛玉芳主动放弃了上大学，部队一名领导同志正热心为他们做媒。这位领导同志对毛玉芳说：“你找耀先绝对没有选错，他是个出色的飞行员，会让你幸福一生的。”经部队领导批准，1956年耀先同毛玉芳结婚。哪知结婚才10多天，耀先就随部队转场换防到了沈阳。从此，毛玉芳开始品尝了一个飞行员妻子的酸甜苦辣。

1960年，为了耀先那高于一切的飞行事业，为了尽一个妻子的责任照顾好耀先的生活，毛玉芳舍弃了自己热爱的纺织工作，随军到了沈阳。以后30多年的随军生活，毛玉芳跟随耀先从东北到北京，又从北京到甘肃，再从甘肃回到北京。作为妻子和母亲，毛玉芳照料孩子赡养老人，为的是让身负重任的丈夫没有后顾之忧，从而全身心投入部队工作中。

1978年，耀先举家搬到甘肃省兰州市。作为兰州军区空军领导，耀先一年有200多天在部队基层。一次，耀先80多岁的老父亲得了重度脑血栓，毛玉芳知道耀先正一心扑在部队抓基层工作，便没有把消息告诉丈夫，主动把老人从北京接到兰州疗养。

1979年2月14日，耀先将军停飞。在30年的飞行生涯中，他落下右腿残疾。其原因是由于战斗机空中动作幅度大，飞行负荷相当于8个人的重量压在身上，长期的大负荷飞行，耀先第5腰椎骨裂致使腰椎前滑压迫腿神经，致使右腿供血不足得了髋关节炎，肌肉萎缩。但耀先没有住院，而是以顽强的意志坚持锻炼来恢复身体。他每天晚上，将一把高背椅顶在腹部，使劲弯腰往里压，以缓解神经压迫，由此一直坚持多年，腰椎病症终于得到控制，人们看到耀先行走时，一瘸一拐，想到他对空军所作出的贡献，无不投以敬佩的目光。

1993年1月，耀先司令员离职了。而1992年12月底，他仍在部队基层抓工作。耀先将军说：“这是为了站好最后一班岗，也是为自己几十年的军旅生涯划一个圆满的句号。”