在此同时，萧楚女还和重庆团地委的负责人一道，领导了各界群众反对日商轮“德阳丸”偷运劣币到重庆的斗争。

这时，国家主义派头子曾琦在《醒狮》报上发表文章，宣扬国家主义，攻击《新蜀报》，谩骂萧楚女。萧楚女撰写了许多文章，驳击了其理论并引导各校进步师生举行国家主义理论讨论会，帮助青年认识国家主义理论的反动实质。为了批判《醒狮》的谬论，肃清其影响，萧楚女特编辑一本名为《肃清》的刊物在群众中散发。

1925年初，中国共产党为支持孙中山出席在北京召开国民会议促成会全国代表大会，指示各地党团组织支持孙中山的北上行动，并选举赴京参加会议代表。在萧楚女和重庆团地委领导下选出了共产党员和国民党左派共13人赴北京参国民会议。3月12日，孙中山病逝，噩耗传至重庆，肃楚女立即为《新蜀报》撰写了沉痛悼念孙中山的社论，并参加领导重庆各群众团体举行大规模的悼念活动。

萧楚女在四川革命的活动，使军阀、官僚深为痛恨。重庆反动当局曾3次胁迫萧楚女离川，甚至欲动武力。为了安全，杨闇公请萧楚女到他家暂住。这时，四川青年团组织的整顿和共产党组织的发展取得了不少成绩，中共四川党组织骨干力量已大体培养出来，萧楚女将自己所负责的工作移交给杨闇公。1925年5月，萧楚女离开重庆，乘船东下去上海。

1927年4月15日，萧楚女在广州反革命政变中被逮捕，4月22日，牺牲于南京石头城监狱。