1941年初，张发奎的第四战区司令部从韶关迁到广西柳州，白崇禧推荐吴石担任了第四战区的参谋长，吴仲禧这时调任第四战区中将军法执行监。这样，两人又开始同事了。皖南事变发生后，两人均对蒋介石发动的反共高潮表示不满，认为国共两党联合抗日已感到力量不足，再要反共，只有亡国。
当时的第四战区司令部分为几派:一派是以陈诚亲信、政治部主任梁华盛为首的特务系统，他们是秘密监视张发奎思想言行的特务，经常向上打密报；张发奎也有一批亲信，为他出谋划策、掌握要害部门；还有一大批比较开明，拥护统一战线的原四军旧部，如陈宝仓、麦朝枢等；此外，从战地服务队来了一批进步青年组成中共特别支部。在四战区内部的矛盾斗争中，吴石、吴仲禧团结进步力量和梁华盛等特务进行斗争，保护中共人员和进步分子。有一次，抗敌演剧队在柳州演出，剧中讽刺了一些不抵抗主义者。政治部特务认为要修改台词才能继续公演。吴石对此发了火，特意约同吴仲禧、陈宝仓(副参谋长)一起去观看，并在谢幕时上台和演员握手、拍照，以示支持。政治部特务要修改台词的事只好作罢。
提供情报
抗战结束后，吴石调任南京国防部史料局局长。1946年春，上海中共地下党领导潘汉年指示时任军事参议院参议的吴仲禧，要他设法通过吴石的关系调到国防部任实职，以便更好地开展情报工作。
吴仲禧找到吴石，提出军事参议院完全是个虚的机构，连个办公地点都没有，请老友设法帮他在国防部谋个实缺。吴石答应尽力而为，说他虽无实权，但人脉广，学生多，推荐一下还是可以办到的。1946年9月，吴石通知吴仲禧，已经帮他设法在国防部监察局谋到中将监察的职务，要他立即去南京任职。吴仲禧到南京后，有机会到各地视察部队，为党的情报工作创造了很便利的条件。
不久，军统特务、广东第九区行政专员兼保安司令蔡劲军因为吴仲禧查了他部下的案件不满，又抓不到吴仲禧什么把柄，就指使人凭空诬告吴贪污。而监察局局长彭位仁是陈诚嫡系，也趁机排斥吴仲禧。吴石亲自派车把吴仲禧接到家里住下，并当面责问彭位仁:哪有无证据而逮捕高级将领的道理？后来当然查不出什么，吴仲禧继续在国防部任职。
这段时间，吴石介绍吴仲禧认识了在武汉白崇禧“华中‘剿匪’指挥部”情报科任科长的胡宗宪，胡宗宪是桂系将领廖磊内侄，吴石的学生，对吴石很尊敬，每次由武汉到南京，都要来探望老师。他听说吴仲禧是吴的至交，也以长辈视吴仲禧。有一次，吴石不在家，吴仲禧问胡最近的工作，胡宗宪说情报科每星期都要搜集各部队送来的材料，编印成“敌我双方兵力位置要图”，送给白崇禧参考，并且每次都寄一份给吴石老师指点。吴仲禧就同他约了通讯地点，以后果然不论吴仲禧在南京、上海、广州，都不断有“战报”寄来，这些材料既有国民党军队部属位置，又有“华中剿总”估计我方兵力部署的判断，情报价值很高。渡江战役前夕，吴仲禧还从国民党“京沪杭警备司令部”获得汤恩伯签署给江阴至芜湖一带江防作战任务和后勤补给的命令。
