松井石根极力为自己开脱，说他派了宪兵维持秩序，而事实证明，仅有17人的宪兵队也加入了暴行的行列。后来，松井石根在巢鸭监狱曾向僧人花山信胜忏悔：“南京事件，可耻之极。”

法庭最终对南京大屠杀做了如下认定：“在日军占领南京的最初六个星期内，被屠杀的平民和俘虏，总数达20万以上。”这是一个十分保守的数字，实际在南京遭日军屠杀的中国军民为30多万人。

1947年4月26日，最先攻入南京制造屠杀惨案的第6师团指挥官谷寿夫在南京执行枪决。1948年1月28日，中国军事法庭对在南京各屠杀中国100余名平民的向井敏明、野田岩判处死刑。1948年11月，松井石根被判有罪。

二战罪魁东条

随着太平洋阶段审理开始，日本军国主义头子、战争元凶东条英机被推向前台。由于希特勒和墨索里尼已死，东条英机成为这次大战中仅存的最高责任者，也是惟一能说明挑起战争真相的人。

1947年12月26日，法庭开始审理东条英机。日俄战争爆发后，东条随日军第15师团侵入中国东北，1928年任陆军省整备局动员课课长。他和板垣征四郎、土肥原贤二等人参加日军秘密法西斯组织“一夕会”。

26日，东条的辩护人清濑一郎作开头陈述，他完全否定大东亚战争的侵略性质，气焰十分嚣张。接着，东条开始朗读长达220页的口供书，为自己和日本军国主义辩护。

1947年的最后一天，首席检察官季南反驳盘问开始了。

季南把重点引向日本和美国在开战前的谈判上。日本人为和美国人周旋，制定了两套谈判方案：甲案和乙案。《甲案》主要内容是：日军有条件地从中国华南地区撤军，但至少25年内不会从中国华北、内蒙古以及海南岛撤军；日本坚持履行三国同盟条约。《乙案》作为替代方案，只允诺不在西南太平洋地区实行武力扩张。

11月7日，日本大使向美国递交甲案。14日，美国国务卿赫尔正式拒绝甲案。6天后，日本递交乙案，同样遭美国拒绝。但为取得偷袭的最佳效果，谈判仍旧继续进行。

东条袒护裕仁

在法庭上，东条英机极力想摆脱他下令发动太平洋战争的责任，但他11月5日发出的电报等铁证证明东条正是发动太平洋战争的罪魁祸首。

东条英机的辩护律师布列尼克认为，日本对珍珠港的攻击“并非偷袭”。对此检察官进行反击：日本向美国递交最后通牒电报是在日军偷袭珍珠港一个小时20分钟以后。而且，偷袭后日本才播发了天皇裕仁的宣战诏书。