自谓“既是送别旧时代的最后一个省主席，也是迎来新世纪的第一个省主席”的包尔汉，在回忆录中曾经记述他在入党宣誓时刻的激动心情：

“中共中央分局成立后，我就找王震同志谈心，并通过他向党组织正式提出了加入中国共产党的请求。党组织审查了我的政治历史与现实表现，经王震、徐立清同志的介绍，1949年12月31日，我加入了中国共产党，未经候补期而成为正式党员，并且担任了中共中央新疆分局常务委员。从此以后，我的全部工作乃至整个生命，就同党领导的社会主义革命和建设事业直接而紧密地联系起来了。“当我面对党旗举起右手进行宣誓的时候，我想起了被盛世才杀害的陈潭秋、毛泽民、俞秀松等优秀的共产党员，他们为了新疆各族人民的翻身解放献出了自己宝贵的生命；也想起了我在盛世才监狱中所写的歌颂毛主席的诗句：……您开辟了通往真理、自由、劳动者解放和幸福的道路，……我是一颗由您的光辉照亮了的星……”

新疆没有地方共产党组织，特别是缺乏民族干部。向中央要？从别处调？都不可能。王震想来想去，还是老办法：自力更生，靠自己，靠进疆部队承担建党建政的重任。经他倡议，并经新疆分局讨论，决定驻疆部队采取“包干制”的形式，分别抽调干部，开展地方工作：驻防在哪个地方的部队，就对哪个地区的地方工作负完全责任。

1950年1月，新疆分局把全疆划为迪化（现乌鲁木齐）、喀什、伊犁3个地区，以第二军党委为基础组建了（南疆）喀什区党委，由第六军组建了（北疆）迪化区党委，还从新疆军区抽调干部组建了伊犁区党委。经过紧张艰苦的工作，陆续组建了10个地委，80个县委和500多个县辖区委。在新疆分局统一安排下，从1950年初开始，各级党委和派往各地工作的中共党员，陆续发展了一批本地民族中的先进分子入党。截至1951年4月，已发展了1057名党员，其中维吾尔族占45%。截至1952年底，全疆81个县（市）都建立了县（市）委，还在部分乡建立了党支部。

王震在迪化的一次干部大会上号召派往地方去的指战员：“要把人民解放军的光荣传统和优良作风带到地方，与兄弟民族建立血肉相连的关系。”“要记住，我们是人民子弟兵！”派往地方上工作的干部战士，没有辜负王震的期望，与各族人民结下了深厚的友谊，受到兄弟民族真诚的信赖和爱戴。

对土匪，“必须用大炮讲道理，用刺刀去教训”

新疆虽然和平解放了，时局却错综复杂。国民党起义部队本来就鱼龙混杂，就在陶峙岳、包尔汉宣布起义后两三天，1949年9月28日，驻哈密的国民党官兵叛乱，四处抢劫烧杀，还抢走中央银行哈密分行库存的12箱金银，以及从兰州银行运来的500多公斤黄金。随后，国民党部队驻鄯善、吐鲁番等地的一些官兵，也发生了残杀百姓、奸淫妇女的叛乱行为。1950年3月，已改编至王震麾下的第二十二兵团骑兵第七师叛乱，这支部队原为国民党骑兵第五军，曾是国民党西北军政长官马步芳的嫡系王牌军。叛乱时，共有17个连队的2511名官兵。他们在迪化地区6个县市先后发动了7次武装叛乱，与新疆当地的一个土匪头子乌斯满遥相呼应，与境外势力相互勾结。