在这种情况下，军委对此非常重视。1957年2月，彭德怀亲自带工作组到南京军事学院作调查，并向中央和军委作了书面报告。其中指出：“在过去几年的教学中，存在一个很大的缺点，就是在教学中的教条主义相当严重。最主要的表现是教学内容与我国我军当前的实际情况不相适应。”“从学院方面来说，在成立六年多之后，对于结合我国我军的实际情况进行教学，仍然没有引起应有的重视。”在参加军委秘书长主持讨论这个报告的会议上，萧克表示不同意上述评价。后来虽在措辞上作了一些改动，但认识上并没有统一。

1958年2月，彭德怀将一篇为纪念苏联红军建军40周年大会而准备的讲话稿，送给萧克征求意见。文中说：“把正规化现代化同我们在长期革命斗争中建立起来的党的领导和政治工作对立起来看，当作全面的建军方针，这显然是不够全面的错误的，因为正规化现代化这两个口号没有联系政治内容，所以在军队中曾引起了一些认识上的偏差”。联系到对军事学院的评价，萧克感到有必要同彭总交换一下意见，就给他写了一封信，阐述这两个口号的正确性，并引证了《共同纲领》总纲及毛泽东等和彭总本人过去对这两个口号的论述。萧克提出在执行这一口号中，有若干同志产生错误认识和偏差，这是必须批判和坚决纠正的，但建议将批判的火力集中在这些倾向方面，而不要批评口号本身。

当时党内军内的民主风气比较好，萧克给彭总写信开始并没有什么顾虑，并一直在等待回音，但彭德怀没有找他。因此他也担心这样直率地提意见，会不会引起彭总的反感。不久，他得到的是意想不到的回应。先是在训练总监部召开的贯彻中央“双反”（反右倾保守，反贪污浪费）决定的机关四级干部会议上，总政突然派来的工作组表态说，训练总监部是搞教条主义的，反对彭总就是反党反中央。5月下旬召开的军委扩大会议，反教条主义发展成为会议的中心议题，萧克受到严厉的指责和被点名批评。萧克的这封信也成了他向彭老总进攻的罪证，说他是“挑刺挑到国防部来了”。7月19日，彭德怀在会议总结中点名批评萧克“一贯坚持资产阶级的军事路线”，“从极端严重的资产阶级个人野心出发，进行反党反领导的宗派活动，企图改变我们人民军队的面貌。”军委决定撤销萧克在国防部和训练总监部的一切职务。

然而，就在这次军委扩大会议后一年，在1959年的庐山会议上，彭德怀也成了被批判的主要对象。萧克说，就像我好意给彭总写信，却成了“挑刺”和“反党”的把柄一样，彭总好意上书毛主席，也被说成“下战书”，招致了沉痛的打击和磨难。也许是因为相同的遭遇，使彭德怀对“左”的错误有了痛切的认识。他在被“罢官”之后，曾嘱托他的侄儿彭起超，有机会一定要代他向萧克道歉。“文化大革命”结束后，彭起超经总政联系找到萧克说，“伯伯早就要我向您转达几句话：‘1958年的事，让你们受苦了，对不起同志们啊！’”萧克听了非常激动。萧克说，其实我早就对他老人家没有怨气了。通过“文化大革命”，我对党内斗争也有了更多的认识，当时彭总的所作所为，是一定历史背景下的产物，历史终将会恢复其本来面目的。（周炳钦文，《百年湖》2009年第4期）