萧全夫到乌鲁木齐军区后，根据邓小平关于“军队要像军队的样子”的指示，结合新疆部队的实际，提出了“军人要像个军人的样子，营区要像个营区的样子，部队要像个部队的样子”的口号，狠抓战备训练。1981年8月1日，军区在乌鲁木齐市举行的大型阅兵，充分展现了“天山铁壁”的雄姿，改善了军队在人民群众心目中的印象。1982年9月，他又亲自筹划并组织了“三战”演习（游击战、运动战和坚固阵地防御战）。参观演习后，杨得志如此评价：“它不仅是乌鲁木齐军区历史上规模最大的一次演习，也是训练改革中的一次重要的尝试，对于新疆部队的战备、训练、政治工作和后勤建设，都是一个有力的促进，对于全军也是一个不小的贡献。”

乌鲁木齐军区部队守卫着6700多公里的边防线。由于历史的原因，多数边防部队驻守条件非常艰苦，物质文化生活条件很差。萧全夫看到这些情况后，心情十分沉重，几次到北京向中央军委反映新疆边防官兵的困难疾苦。1984年8月，他在68岁高龄时，冒着生命危险，到素有“永冻层”、“生命禁区”之称的阿里防区和海拔5380米的神仙湾哨卡视察，他是进入该地区军内职务最高、年龄最大的第一人。他强忍着严重的高山反应，看望守防和施工部队官兵，检查边防建设情况，给部队以巨大鼓舞。

作为军事主官，萧全夫同样一贯重视部队的思想建设和组织建设。1980年初，改革开放的春风吹进军营，部队中思想比较活跃。为做好转型时期官兵的思想工作，他与政委谭友林一起狠抓部队的思想政治教育，亲自上党课、讲传统，教育大家要坚决贯彻党的十一届三中全会精神，与党中央、中央军委保持高度一致。同时他要求部队把加强社会主义精神文明建设，提高部队抵御腐朽思想文化侵蚀的能力，作为一个经常性教育的重要问题，常抓不懈。

萧全夫在70多年的革命生涯中，十分注重修身砺德，为后人树立了光辉榜样。“文化大革命”期间，造反派对他进行了四天四夜的围攻和批斗，威逼他交待“反对无产阶级司令部”的“罪行”，但他坚强不屈，没有讲一句违心的话。萧全夫最后一次病重住院不久，他知道属于自己生命的时间不多了，就写下遗嘱：在我去世以后，从我的积蓄中拿出5万元，其中2万元交给党组织，作为我的最后一次党费；3万元捐给家乡的希望工程。

萧全夫一生好学不倦。他参加红军前只读过几年私塾，文化程度不高。在南京学习时，经常晚上半夜从教室回到家，还叫醒夫人帮他复习，毕业时被评为“模范学员”。他曾将学习《邓小平文选》、《朱德文选》的体会撰文发表，指导了部队的学习和实践。1985年8月，他退居二线后，仍不顾体弱多病，深入各地调查研究，写出调查报告和文章，提供给有关领导参考或在报刊上发表。他还撰写了《苦练出精兵》、《忆无名英雄蔡威同志》、《巍巍五岭山》、《朝阳攻坚战》、《我们参加了会宁大会师》、《破袭》、《回忆彭总视察我们的前沿阵地》、《津南突破》等回忆文章，为研究党史、军史提供了宝贵资料。1988年7月，他的胸前又挂上了一杖沉甸甸的一级红星荣誉功勋章。

2005年2月4日19时55分，一代名将萧全夫因病医治无效，不幸与世长辞，有景仰者用一副挽联概括了他的光辉一生：“南征北战打江山，戍边守关震敌胆，一代名将；赤胆忠心建功业，高风亮节励后人，三军楷模。”