第二阶段：日军派兵增援，起义军被迫撤离通州
7月29日下午4时，日军中国驻屯军司令官命令临时航空兵团轰炸起义部队，十余架次轰炸机赶来对通州进行编队轰炸。同时，日本丰台中国驻屯步兵旅团长奉命以中国驻屯步兵第二联队主力前去救援（30日晨到达）。
司令部还向通州日军下达夜间防御命令，要求各部队做好准备。下午5时30分，各分队长集合。鉴于当时起义部队仍在兵营东、南、北围墙处，主力集结于总队本部和冀东伪政府附近，辻村部队命令：必须彻夜严守各兵营、仓库；通州警备队担任直接守卫兵营任务，负责派哨兵监视，打探敌情；山田部队负责指挥宪兵兵器部、病马收容班，严守存放粮草和兵器的各个仓库；通州警备队和山田部队以南侧围墙为界，分别负责北、南两侧防御；夜间禁用一切灯火；谷本主计大尉于通讯所负责联络其他各部，并指示调度各部队所需物资；夜间行动暗号为“梅樱”等。
面对日军飞机轮番轰炸，保安队没有防空装备,仅以机枪回击，实难坚持,不少人脱下军服,弃械逃跑，形势转为不利。张庆余决定乘日军援军到达前放弃通州,将保安队撤往北平投奔29军。
7月29日深夜,保安队分两路退往北平,到北平城下才得知29军已撤离，遂退至长辛店、保定一带。是时,保安队在北苑和西直门附近与日军关东军铃木旅团一部遭遇。日军集中火力向起义军攻击。保安队官兵浴血奋战,腹背受敌,教导总队长沈维干、区队长张含明带队突围，相继牺牲。其间，押解殷汝耕的汽车行驶到安定门与德胜门之间，押车士兵被日军冲散，殷汝耕趁乱脱逃。危急之下，张庆余下令分头突围，将全军分为若干小队，每队五六十人不等，经门头沟奔保定集合，与29军会合。到达保定时，只剩4000余人。
第三阶段：通州城内遭日军报复“扫荡”，冀东伪政权被迫道歉、赔偿、为侵略者树碑建塔
30日上午9时许，日军酒井部队千余人开进通州城，见男人就关进西仓兵营；逐户搜查可疑之人，甚至一时起了屠城之意。下午4时许，萱岛部队抵达通州，立即封锁各城门，并向各城门以及冀东伪政府派遣监视部队，“扫荡市内，使之逐渐恢复治安”。辻村部队撤去周围警戒，将兵力集中至兵营和仓库，日军按户口逐户搜查，认为可疑的人就抓捕，后来这些人绝大部分被杀害。据伪县长王季章说“在短暂的几天时间里，被处死者约有七八百人之多”。日军的报复举动，令通州城陷入极大恐怖。外逃的人不敢回家，在家的多乘黑夜越城逃走，或逃到美国教会避难，恐怖气氛持续两三个月。日军把血腥镇压竟说成是“使东亚安定”“亲人善邻”，把中国人民在自己土地上反抗侵略者的正义行为污蔑为“共匪骚扰”“叛逆”。
