后来，沈之岳在蒋经国的极力推荐下，于1964年6月调任“调查局”局长。沈之岳由此获得台湾“调查局之父”的称谓。

1979年3月，沈之岳届龄退休。但蒋经国不让沈之岳离开身边，聘其为“总统府国策顾问”后，立命随从为沈在“总统府”蒋经国的办公室隔壁设置连间的办公室。直到蒋经国去世，沈之岳始终是国民党当局最受倚重的特务系统元老。

【“一事二主，两边无伤”？】

1990年沈之岳罹患末期前列腺癌，又于1993年11月转移扩散至肺部。这期间，沈之岳接受夫人、台湾京剧名旦徐露的劝告，到北京寻访名医诊治。

赴大陆旅行期间，沈之岳下榻北京钓鱼台国宾馆。大陆方面曾有意接见沈之岳，但他客气地婉拒了：“我来北京就是来看病，不为别的。”他坚持不接受大陆方面的招待，旅馆费用全部自掏腰包。而往昔老同学张爱萍特意安排了明代名医李时珍的后人为沈之岳治病，并到宾馆和沈聊天。“大陆方面本着‘渡尽劫波兄弟在，相逢一笑泯恩仇’的政策，由邓小平接见了沈之岳”。（徐宗懋《黄杰与郑洞国》，《老照片》）前国家主席杨尚昆也与沈夫人徐露会面，说他希望多了解沈之岳离开大陆后去台湾期间的经历——对大陆方面而言，台湾时期沈之岳的记录是一片空白。1994年2月，沈之岳病逝台北，享寿82岁。这名隐蔽战中的人物，从此走进历史，也带走了许多不留存于任何档案的秘密——他是国共两党两军潜伏阵营里最大的谜题之一。

沈之岳昔日部属池兰森将军，在台北刊载的追悼文章中有过这么一段话：“……传出中共前国防部长张爱萍对沈之岳先生的评语是：‘智勇双全，治国有方，一事二主，两边无伤。’……”香港著名记者陆铿在回忆录里也披露：“国民党直至90年代中期才从……张爱萍挽联中发现沈原来是一个潜伏在国府心脏、制造冤案以博取信任的阴谋家。”（《陆铿回忆与忏悔录》）

但张爱萍的挽联语意模糊，寓褒于贬，不能确指——其一可以解释为沈效忠国共两党，其二可以解释为他臣事蒋家两代。

沈之岳究竟是单纯的“军统特务”，还是“双面间谍”，甚或是潜伏台湾至死都未被国民党发现的“红色特工”？这样的疑团，有待更多的史料公布，有待更多的学者、读者考证。