10月18日，中国驻日代办张元节回到上海，还带来了一个“超政府、超党派之纯粹代表日本国民”的日本谢赈团，计划到大连、奉天、天津、北京、洛阳、汉口、南京、杭州、上海等处巡回答谢。

当日，张元节与日本东方通讯社理事水野梅晓、日本社会主义者宫崎民藏等，出席了上海方面的欢迎大会。在会上，面对舆论的质疑，张元节与两位日本人一道为日本开脱。从日本死里逃生回来的“共济会”总干事王兆澄质问他：“留日中华劳动同胞共济会。”既然是合法登记的社团，那王希天“失踪”一案，中国使馆为什么不作为？华工被难后，中国使馆为何不进行调查？曹锟所捐献的救济旅日华工的款项，为何工人始终未得分文？张元节当即语塞。

欢迎会上的交锋见报后，舆论大受刺激，抗震援日的热潮一变而为抗议日本屠杀华工。民众指责日本“仁义道德沦亡殆尽。吾本恤怜之义，集资以济其急，而其浪人反加横杀，以德报怨，莫甚于斯，吾人一息尚存，当速提抗议，惩办恶凶，赔偿损失。”

上海《晨报》社论说：“日本震灾，我国表其深挚同情，力尽救恤之义，吾人方藉此可以改善两国关系，促进国民亲善，乃日本于灾震发生之际，对于华侨极为残酷……吾人对于日本震灾，虽具有同情，而对于虐杀则不能不提出严重抗议。日本政府若不亟谋谢恤之法，则中日间感情将因此而愈难改善矣。”

新任中国驻日代办施履本在10月20日，向日本外务大臣伊集院彦吉提出严重抗议，全国不少团体纷纷要求日本方面惩凶、抚恤等。

日本人对此先是矢口否认，随即承认这只是误杀：“震灾发生之时，韩民暴动随处发生纠纷，致华人误被杀伤殊属不少”，“地震时韩人暴动，群情愤激，误伤华人”，“如此多数人之被害，在常识上难于置信，且其原因，又为震灾、水灾等不可抗力，诚属无可如何之事。”

中国政府随即派专使王正廷、刘彦、沈其昌等，赴日调查。

10月21日，戒严期间的新闻封锁解除，《朝日新闻》报道了屠杀华人和王希天失踪消息，日本政府立即再行封锁。当《读卖新闻》试图在11月7日跟进报道时，其预备刊登在头版头条的报道《残害中国人事件》，在发行前就被“枪毙”。

屠杀案发现场的戒严部队，是日本陆军野战重炮兵第三旅团。该旅团参谋远藤三郎大尉受命掩盖王希天被杀真相，经过策划，他们编造了一个故事：王希天主动要求去习志野集中营照料华工，军方派人护送，但在途中，应王希天自己要求而将其释放，不知其下落。军方随即与内务、法务、外务三个部门进行了沟通。直到1981年，年迈的远藤三郎接受日本参议员吉川一夫的秘书田原洋访问时，才详尽地披露了杀害王希天的经过和掩盖事件真相的活动，田原洋在次年出版了《关东大震灾与王希天事件》，轰动一时。

为了掩盖真相，10月20日日本政府向所属各道、府、县发文，查找王希天下落。11月7日，日本内阁会议结束后，内务大臣后藤新平、外务大臣伊集院彦吉、法务大臣平沼骐一郎、陆军大臣田中义一共同密商，并且报请总理山本权兵卫批准，正式决定将王希天事件真相掩盖起来，并确定了对中国调查团的应对策略：“好好招待，给予尽可能的方便，让他们感受到我官宪没有阻止他们调查”。