10月18日,中国驻日代办张元节回到上海,还带来了一个“超政府、超党派之纯粹代表日本国民”的日本谢赈团,计划到大连、奉天、天津、北京、洛阳、汉口、南京、杭州、上海等处巡回答谢。
当日,张元节与日本东方通讯社理事水野梅晓、日本社会主义者宫崎民藏等,出席了上海方面的欢迎大会。在会上,面对舆论的质疑,张元节与两位日本人一道为日本开脱。从日本死里逃生回来的“共济会”总干事王兆澄质问他:“留日中华劳动同胞共济会。”既然是合法登记的社团,那王希天“失踪”一案,中国使馆为什么不作为?华工被难后,中国使馆为何不进行调查?曹锟所捐献的救济旅日华工的款项,为何工人始终未得分文?张元节当即语塞。
欢迎会上的交锋见报后,舆论大受刺激,抗震援日的热潮一变而为抗议日本屠杀华工。民众指责日本“仁义道德沦亡殆尽。吾本恤怜之义,集资以济其急,而其浪人反加横杀,以德报怨,莫甚于斯,吾人一息尚存,当速提抗议,惩办恶凶,赔偿损失。”
上海《晨报》社论说:“日本震灾,我国表其深挚同情,力尽救恤之义,吾人方藉此可以改善两国关系,促进国民亲善,乃日本于灾震发生之际,对于华侨极为残酷……吾人对于日本震灾,虽具有同情,而对于虐杀则不能不提出严重抗议。日本政府若不亟谋谢恤之法,则中日间感情将因此而愈难改善矣。”
新任中国驻日代办施履本在10月20日,向日本外务大臣伊集院彦吉提出严重抗议,全国不少团体纷纷要求日本方面惩凶、抚恤等。
日本人对此先是矢口否认,随即承认这只是误杀:“震灾发生之时,韩民暴动随处发生纠纷,致华人误被杀伤殊属不少”,“地震时韩人暴动,群情愤激,误伤华人”,“如此多数人之被害,在常识上难于置信,且其原因,又为震灾、水灾等不可抗力,诚属无可如何之事。”
中国政府随即派专使王正廷、刘彦、沈其昌等,赴日调查。
10月21日,戒严期间的新闻封锁解除,《朝日新闻》报道了屠杀华人和王希天失踪消息,日本政府立即再行封锁。当《读卖新闻》试图在11月7日跟进报道时,其预备刊登在头版头条的报道《残害中国人事件》,在发行前就被“枪毙”。
屠杀案发现场的戒严部队,是日本陆军野战重炮兵第三旅团。该旅团参谋远藤三郎大尉受命掩盖王希天被杀真相,经过策划,他们编造了一个故事:王希天主动要求去习志野集中营照料华工,军方派人护送,但在途中,应王希天自己要求而将其释放,不知其下落。军方随即与内务、法务、外务三个部门进行了沟通。直到1981年,年迈的远藤三郎接受日本参议员吉川一夫的秘书田原洋访问时,才详尽地披露了杀害王希天的经过和掩盖事件真相的活动,田原洋在次年出版了《关东大震灾与王希天事件》,轰动一时。
为了掩盖真相,10月20日日本政府向所属各道、府、县发文,查找王希天下落。11月7日,日本内阁会议结束后,内务大臣后藤新平、外务大臣伊集院彦吉、法务大臣平沼骐一郎、陆军大臣田中义一共同密商,并且报请总理山本权兵卫批准,正式决定将王希天事件真相掩盖起来,并确定了对中国调查团的应对策略:“好好招待,给予尽可能的方便,让他们感受到我官宪没有阻止他们调查”。