鉴于那时“文化大革命”结束不久，陈云在大力推动干部年轻化的同时，也提醒大家，提拔的年轻干部必须德才兼备，“闹派性的骨干分子、打砸抢的分子，一个也不能提到领导岗位上来”。[3]（p.301）对这一点，邓小平也表示非常赞成。他在一次中央政治局会议上说:“人一定要选好。还是老话，要坚决贯彻陈云同志讲的几条，几种人不能放进去啊!”[4]（p.400）
邓小平对陈云主张的支持，还表现在打击严重经济犯罪的问题上。
中共十一届三中全会上，陈云同时被选为新设立的中央纪律检查委员会第一书记，负责全党的党风党纪和案件审理工作。就在中纪委用力纠正党内各种不正之风时，一些地方，特别是广东、福建沿海一带，又借对外开放、实行特殊政策之机，刮起了走私贩私之风。有些党员领导干部不仅采取姑息态度，而且还参与进去，成为走私活动的保护伞。1982年初，陈云把一份反映广东一些地方走私活动猖獗的简报批给几位中央常委看，并在批示中写道:“我主张要严办几个，判刑几个，以至杀几个罪大恶极的，并且登报，否则党风无法整顿。”常委们看后都表示同意，邓小平在“并且登报”四字前面还加了“雷厉风行，抓住不放”八个字。[5]（p.287）随后，中共中央书记处迅速开会，就此发出紧急通知;又召开广东、福建两省座谈会部署落实邓陈指示的工作。接着，全国人大常委会通过了《关于严惩严重破坏经济的罪犯的决定》;中共中央、国务院联合发出了《关于打击经济领域中严重犯罪活动的决定》。邓小平在讨论这一决定的中央政治局会议上特别强调:“现在刹这个风，一定要从快从严从重”，“没有一点气势不行啊!”[8]（p.1723）到1983年4月，全国立案审查的有19万多件，涉及党员7万多人，开除党籍8500多人，追邀赃款赃物合计4亿多元，有力遏制了走私贩私、贪污盗窃、行贿受贿、投机诈骗等严重犯罪的歪风。在邓陈合力推动下，改革开放初期这场打击经济领域犯罪活动的斗争达到了预期目的。
改革开放初期，邓小平给予陈云很大支持，同样，陈云对邓小平的重要主张也给予了积极配合。例如，自20世纪70年代末以来，与我国南部接壤的某国实行反华、排华政策，甚至侵犯我国领土、毁坏我国村庄，杀害我国军民，并对邻国进行大规模军事入侵。对此，我国政府多次发表声明和向该国照会，表示强烈抗议和谴责。然而，该国却把这一切当成耳旁风，视我方软弱可欺。邓小平认为，对这种嚣张气焰，必须进行自卫反击。他指出:“如果我们在印度支那问题上都无所作为的话，只会加剧国际紧张局势。”[1]（p.487）鉴于自卫反击的决策事关重大，为慎重起见，他特别请陈云从多方面考虑一下利弊得失。陈云经过反复考虑，认为可以下这个决心，并提出了有关作战方针的建议。[5]（p.236）中共中央遂于1979年2月14日发出关于进行自卫反击、保卫边疆战斗的通知。自卫反击战于2月17日开始，我国边防部队达到预定目的后，于3月5日撤离对方边境，16日全部撤回我国境内。这场战斗在地区、时间、规模上虽然极为有限，但对于保证我国在国家安全态势良好的条件下进行改革开放和建设起到了重要作用，也为印度支那局势的好转做出了积极贡献。20世纪90年代初，该国主动提出与我国恢复睦邻友好关系，从此，两国捐弃前嫌，不断增进友谊，重新成为了好邻居、好伙伴、好兄弟。
陈云给予邓小平密切配合的另一个例子，表现在《关于建国以来党的若干历史问题的决议》的起草上。我国在中共十一届三中全会后，系统清理过去“左”的错误，引发了党内和社会上两股思潮:一股认为，党中央否定了毛泽东，违反了毛泽东思想;另一股认为，对毛泽东和毛泽东思想要彻底否定。面对这两股思潮，邓小平提出要在适当时候，由党中央就新中国成立后的经验教训作一个决议，对那段历史作一个评价。他主张，起草这个决议，一方面，要对毛泽东晚年的错误进行实事求是的分析;另一方面，要把这一错误与毛泽东思想加以区别，宜粗不宜细，核心是确立毛泽东的历史地位，坚持和发展毛泽东思想。对邓小平的主张，陈云十分赞成。他对起草小组的人说:“小平同志提出《决议》宜粗不宜细，我是同意的。要在这个原则下面，是成绩就写成绩，是错误就写错误”。“《决议》要按照小平同志的意见，确立毛泽东同志的历史地位，坚持和发展毛泽东思想。”[3]（pp.238~284）为了使《决议》能够充分体现邓小平的意图，他还提出建议，即在《决议》中增加回顾新中国建立之前中国共产党28年历史段落，说这样写，对“毛泽东同志的功绩、贡献就会概括得更全面，确立毛泽东同志的历史地位，坚持和发展毛泽东思想，也就有了全面的根据;说毛泽东同志功绩是第一位的，错误是第二位的，说毛泽东思想指引我们取得了胜利，就更能说服人了”。[3]（p.284）对于这个建议，邓小平十分赞赏，说陈云的“这个意见很好”，“是一个很重要的意见”。[4]（pp.303，306）由于邓陈的密切配合，《决议》经过一年多的起草和4000多人的讨论，终于在中共十一届六中全会上获得通过，起到了使党总结经验、统一思想、团结一致向前看的作用。