1945年8月，日本投降后，中共中央派台籍干部蔡孝乾为台湾省工作委员会书记。9月，蔡孝乾由延安出发，12月至江苏淮安，向华东书记张鼎承、组织部长曾山，干部张志忠等人，分批到沪，与华东局驻沪人员会商，并学习一个多月。这年4月，首批干部先由张志忠率领由沪搭船潜入基隆、台北开始活动。蔡孝乾则迟至7月始进入台湾，并正式成立“台湾省工作委员会”，由蔡本人任书记，直接领导“台湾学生工委会”、“台北市工委会”、“台湾省山地工委会”、“基隆市工委会”、“台湾邮电职工工委会”、“兰阳地区工委会”、“北峰地区工委会”等，并以陈泽民任副书记兼组织部长，领导台南、高雄、屏东等地区工作。
洪幼樵任委员会委员兼宣传部长，领导台中、南投等地区工作。张志忠任委员兼武工部长，领导海山、桃园、新竹等地区工作。
吴石与“吴石案”始末
现在我们再把话题转入“吴石案”，吴石是国民党国防部参谋次长，保密局逮捕蔡孝乾时，蔡供出吴石提供重要的国防情报给中共，联系人是华东局派出的朱谌之。由于吴石的官阶很高，此案涉及高级军官多人，是一个大案子，国民党需要给海内外一个明确的交代，以证明本身并非借口整肃军中异己。因此，1950年月8日，吴石案的承办人李资生在香港的国民党刊物“新闻天地”发表一篇长文，详述逮捕吴石和朱谌之等人始末，以昭信于天下。
根据国民党的资料，吴石称，1949年4、5月间在沪与中共华东局干部刘栋平会面，刘希望吴能提供军事情报，不过不久解放军旋即渡长江，吴赴福建就任绥靖公署副主任，与中共党人失去联系。然而，解放军很快就席卷整个东南沿海，吴转香港来台，在香港时又与刘栋平取得联络，吴同意来台后收集军事情报。
1949年11月下旬，华东局派女干员朱谌之持刘栋平的介绍函来台，先后与吴石会见六、七次，并取得书面和口头的军事情报，其内容计有军事机关及部队主管之名册，东南区驻军之番号和概数，以及飞机大炮坦克之数量等。
1950年2月4日，朱谌之在吴石的协助下搭乘空军飞机飞往当时仍为国民党控制的浙江定海，并正欲搭船前往解放军掌握的上海。由于朱谌之来台时曾向蔡孝乾报告工作状况，国民党得知此重大状况，立刻调查吴石，并通知定海方面逮捕朱谌之，将朱押来台湾。
此案最后枪决了六人，包括吴石、朱谌之以及吴石所布建的高级军官陈宝仓、聂曦、王正均、林志森等人，其余则判5年至10年不等。
对于吴石其人，李资生的纪录是：“吴次长自承向共党靠拢的时机，是在1949年的2月间。当时，蒋总统已经引退，李代总统则在倡导和平，并且正与中共进行谈判，他认为当时的政治局势是非常混乱的，究竟前途如何，谁也弄不清楚，大家都认为共产党一定会成功，他自己也有这种想法，于是他就糊里胡涂地和共产党发生了关系。他自己却辩解说：'这种事情，在当时是很普通的。我相信有大批的政府军政官吏，都和我一样的走上这条路去，政府的政策既是求和，我们为什么不可以和共党联系呢？'真的，吴石是和平谈判运动可怜的牺牲品，一个高级公务员，对于所处的政治局势观察不清，实在是非常危险的。”
另外一位国民党高级军官王大任后来写了一篇《我对吴石早年的印象》，值得一读。他写道：“我在花溪工作四年半（笔者案：1939年国民政府军事委员会委员长侍从室成立第三处（简称“侍三处”），由陈果夫主持人事，包括批答中央训练团党政班受训学员的通讯报告，党政班受训按海内外自由地区划编通讯小组（敌后另行编组），并规定定期集会，由所在地高级党政军首长担任指导员，负责考核与督导。至于学员个人方面，不仅要出席会议，而且每月要与'侍三处'通讯一次。通讯内容包括工作概况，地方党政动态，社会分析、自我检讨、读书心得与建议事项等。其中优秀之通讯，事关治平大计与政经兴革，而有卓越见识之建议，每周必汇呈委座（指蒋介石委员长）亲自核阅。其中使我印象最深者为西北陕甘宁边区某集团军少将总参议吴石的通讯。渠有关'共党阴谋叛乱及其对策'的研究报告，极其精湛，该文洞烛机先，见解深刻，不独文情并茂，亦且有胆有识。我当时经办此稿时惊由前所未曾有。于是签注'拟汇呈委座'字样，经主任（陈果夫）批示'可专呈'，于是将原稿一字不改的项目呈阅。嗣经委座亲批'继续研究'，继又批'嘉勉'两字。此文我曾录一副本，以为参考。自此在我心目中的吴石是一位忧国志士与锦绣才人，使我对吴君的印象，经久不能去怀。”
王大任继续写道：“后来胜利还乡，我当选东北区立法委员，于民国37年（1948）4月赴南京开会，偶然在乡长王润生先生府上碰见老友王醒魂。醒魂陪着一健壮的中年人坐在王府客厅，这便是我意念中的忧国之士，现任史政局局长吴石将军。我乍闻吴君之名，立即呈现惊喜之神色，当及询问对方是否为在几年前曾与'侍三处'通讯提出'灭共'建设的吴石？对方连称是后，我立即伸出友谊之手，诚恳的表示曾奉命覆函嘉勉，并倾吐个人仰慕之忱！最奇怪的是当大陆撤守政治迁台的初期，身为国防部参谋次长的吴石，居然私通共党作起出卖自己政府的勾当！有人说是受了投共政客立委何遂的煽惑，这个一百八十度的大转弯，真是令人匪夷所思，不敢相信！”
这些是国民党方面关于吴石的纪述。中共方面，最早接触吴石的中共党人吴仲禧于1983年写了一篇追思吴石的文章，并看载于1993年出版的“广东文史资料”总号73辑。该文印证国民党的资料，同时也揭露了不少国民党不知道的事情。吴仲禧是吴石的福建同乡，1911年福州响应辛亥革命，两人皆报名参加了福建北伐学生军，隔年并有幸在孙中山就任中华民国临时大总统的隆重典礼中担任警戒工作。
随着两人又同时入选武昌预备学校和保定军官学校，吴仲禧回忆，无论年终考试或毕业考试，吴石总是名列全校第一，后来他留学日本炮兵学校，毕业后又入日本陆军大学，成绩优秀，名闻于中日军界。
吴仲禧回忆说：“在军校同窗四年的接触中，我深深感到吴石有强烈的爱国心和正义感。有好几次政治变故都曾使他想弃学而另找革命出路，终因缺乏明确的政治目标，而又渴望军事上能学有所成而未果。”
保定军校后，吴仲禧与吴石别后20年，两人抗战时重逢，此时吴石担任白崇禧的顾问，吴仲禧则已加入了中共，表面的职务是第四战区长官部军务处处长和韶关警备司令。吴仲禧回忆与吴石重逢时的景况：“抗战开始后，他看见国民党的军队腐败，无能的现象，更是满怀愤懑。这些，他都毫无顾忌的向我发了一些牢骚和愤慨。我自然也以诚相见，除了没有暴露自己共产党人身份之外，其它对时局和人事的看法也都没有什么保留......首先，他认为抗战以来我军屡战屡败的主要原因是将帅无能、纪律废弛。例如，陈诚只受过中级军事教育，却委以重任，提拔之快，中外罕见。陈诚所用的参谋长杨杰，更是只会自吹自擂，毫无真才实学和作战经验，往往总部作战命令还未下达，部队已转移阵地。可是陈诚一直神气十足，独断独行，像保卫武汉这样的大作战计画，连白健生（白崇禧）也没有参加讨论过。又如，汤恩柏、刘峙也是屡战屡败，屡败屡升的。
最后，吴石讲到自己，说他学习、研究军事20多年，写过几本军事著作，翻译过几本兵学名著，在陆大教授时有几套讲稿，但一直没有机会带兵上战场，深感遗憾。有人讥他为'书呆'，但又谁都不肯给他以带兵的实权。白崇禧器重他的学识，但谁也没给他什么实权，大概是因为他专心学术，不会搞逢迎拍马、官场应酬那一套吧！”“在抗战几年同吴石的共事中，我们经常交谈，他总流露出一种愤懑、失望的情绪。一方面，他想在抗日战争中扎扎实实做一些事情，渴望自己在军事上能学有所用，用有所成；另方面，他又逐渐看透了国民党内部的腐败，官场的勾心斗角，意识到自己无论如何都无法改变这种局面，因而内心相当苦闷。