政变被挫败后，土耳其政府迅速展开了大规模的抓捕行动，目前已有7500多人被抓，近万人被停职。西方国家担忧，埃尔多安这是在借机清洗异己。
欧洲国家的另一个担忧在于，埃尔多安会借机清洗异己。
16日凌晨政变刚刚被挫败，埃尔多安就对支持者们表示，他将“肃清”政变发动者，以保持土耳其军队的“干净”。随后，土耳其政府迅速展开了对政变者的大规模抓捕行动。
土耳其总理比纳利·耶尔德勒姆18日宣布，目前已有7543人因涉嫌参与未遂政变被拘留或逮捕，包括100名警察、6038名军人、755名法官和检察官以及650名平民。另据土耳其内政部的数字，8777名公务人员已经被停职，包括近8000名警察、一名省长和数十名更低行政区的一把手。
土耳其国家通讯社也报道称，103名将军级军官被拘留或逮捕，包括被认定为这次未遂政变的主谋、前空军司令阿金·厄兹蒂尔克。
面对土耳其的这场大抓捕行动，西方国家一方面表示支持土耳其民选政府、反对政变，一方面又告诫埃尔多安政府，必须“依法行事”，清理行动不能“过火”。
美国总统奥巴马表示，土耳其各方“迫切需要依法行事”，他敦促土领导人“避免采取会导致进一步暴力或不稳定的行动”。默克尔也向埃尔多安喊话，要求土耳其政府处理未遂政变事件时要遵守“适度原则”。
主管欧盟扩大谈判的欧盟委员哈恩则直接说，土耳其政府在政变前就已经准备好了“黑名单”。
不过，哈恩的言论招致了土耳其方面的强烈不满。土耳其外长恰武什奥卢在社交网络上称哈恩的说法“不可接受”。
政变主谋之谜
埃尔多安一直指责流亡美国的土耳其宗教人士居伦是政变的幕后“黑手”，但遭居伦的否认。居伦还暗示，政变可能是埃尔多安“自导自演”的闹剧。
对于策划这起政变的幕后“黑手”，埃尔多安一直指责现居美国的土耳其宗教人士费特胡拉·居伦是主谋，并多次要求美国将居伦引渡回土耳其。
居伦是老资格的土耳其伊斯兰教学者，其领导的“居伦运动”组织在土耳其有广泛的影响力。居伦早年与埃尔多安的正义与发展党结盟，双方关系密切。但随着埃尔多安权力越来越大，两人最终决裂，居伦也以身体不适需要医治为由，于1999年流亡到美国，在宾夕法尼亚州一个小镇定居下来。
