但AR-15起初并不受军方青睐，由于扶手和枪托是塑料的，一些军方高官觉得它像玩具，复杂的政治考虑和军方高层的犹豫让AR-15的前景不乐观。

1959年，事情开始出现转机，阿姆莱特公司将AR-15开发权卖给柯尔特制造公司。斯通纳也在1961年成为柯尔特制造公司的顾问。这家公司看好这支步枪，并进行努力推广。1963年，经过多年测试，并且在时任美国防长麦克纳马拉和总统约翰逊的干预下，AR-15终于被美军采用。

晚年曾到中国讲学访问

斯通纳一生辗转多家公司，并且创办自己的公司，但一直没停止枪械设计。他不仅设计出M16步枪，还在步枪模块化上作出巨大贡献。他设计的“斯通纳63”是世界上第一种真正模块化结构枪械。该枪主要由15个子模块组成，通过不同组合可装配成不同结构，分别为标准步枪、卡宾枪、轻机枪或通用机枪。

据说，“斯通纳63”的灵感来自于积木，孩子们玩积木的情景让斯通纳产生这样的想法--枪是不是也可以用一种部件为基础，换用不同枪管、枪托等部件，和搭积木一样组成不同的枪？经过努力，他终于制成被称为枪界“变形金刚”的斯通纳63。

英国《独立报》评价称，斯通纳的独特之处在于，对各种口径的技术信手拈来，从5.56毫米口径的突击步枪、中型口径的重武器和37毫米口径的加农炮，他都可以设计。这种设计的广度，在轻型武器设计师中非比寻常。

1985年，美军根据官兵们的意见改进了M16A1步枪，推出M16A2步枪，斯通纳却对这种改进枪不感冒。《中国国防报》曾报道说，他在1988年5月赴中国讲学访问谈到M16A2时显得情绪不高，他不认为这是一支名枪，除了护木以外，其他改动没有任何价值。在改动之前，美军也没有征求斯通纳的意见。

虽然不喜欢别人改动自己的枪，但斯通纳并不是一个不好接近的人。1991年，一名军事爱好者在工业展巧遇斯通纳，“我们聊了两个小时”。这位年轻人说：“我学到很多东西，通常明星会让你走开，但斯通纳不会。”

斯通纳晚年仍然坚持设计枪械，在去世前几个月，完成了大口径狙击步枪SR-50的最后设计工作，他于1997年去世。在斯通纳生命最后一年与他合作的年轻设计师说，“斯通纳一直尝试新的方式，他教会我从每一个角度看待设计。”