然而，核电领域铀应用的成熟，让钍替代遭遇冷门。马鹏起表示，“钍在核工业系统的应用，需要相关单位重新投入巨大的费用，目前国家以及企业对钍应用积极性并不高”。

马鹏起介绍，2000年左右，包钢集团曾进行过钍回收试验，成功获得钍。然而，高纯度的钍让环保部门和包钢集团为难，“为防止放射性危害，必须将其存放到安全度更高的地方”。马鹏起表示，“包钢回收的钍也卖不出去，后来只能放弃回收。到目前为止，钍仍然以残渣的形式进入尾矿”。

值得注意的是，钍在核工业系统的冷遇，不仅使得钍资源浪费，钍污染解决也箭在弦上。数据显示，内蒙古包头地区稀土矿开发利用中，放射性钍84.5%进入尾矿，14.66%进入冶炼固体废物，其余进入废气、废水及废水污泥。

前述徐光宪等院士的《紧急呼吁》中就提到，“钍对包头地区和黄河造成放射性等三废污染，若再不采取措施，过35年将全部采完，并进一步加剧对黄河的污染，形势十分紧迫”。

马鹏起对澎湃新闻强调，“钍作为核燃料应用研究需要一个过程，这一点可以可以理解。目前我们只希望能将钍资源回收、储存起来，避免造成资源浪费及环境危害”。