1912年8月，吴石、吴仲禧接到武昌军校入学通知，两人从福州来到武昌第二预备军官学校学习了2年，结业后又一起被选拔入保定军校第三期学习。保定第三期的学员大都是从各省参加过辛亥革命的学生军中选拔来的，白崇禧、张治中等人和吴石、吴仲禧是同届同学。从这时起，两人和白崇禧建立了比较密切的关系。吴石在武昌预备军校和保定军校的4年，无论是年终考或毕业考试，总是名列全校第一。

吴石和吴仲禧在军校学习期间，一边努力学习军事，一边关注政治。1913年3月，宋教仁被刺杀，吴石、吴仲禧十分气愤，两人相约一起回福建参加“二次革命”，后因海上交通断绝而未成行。同年7月，李烈钧在江西发动“二次革命”，但很快失败了。吴石、吴仲禧的一位江西籍同学雷英秘密回九江参加起义，失败后被捕牺牲。吴石、吴仲禧知道后即在校内秘密召集一批闽赣同学开追悼会。当时军校监控严密，这类带政治性的活动是被严格禁止的，但两人甘冒违反军纪之险，撰写了一副挽联，祭祀后火化了。1915年春，两人在保定军校学习时，一名同学偷看反北洋政府报刊，被反动校长发觉，结果被当众责打了40军棍，全校哗然，几乎当场和校方发生冲突。这事更激起学员反袁思潮，不少人乘清明放假之机到各省参加护国运动。吴石学业优秀，事先受到警告不准请假，就留校作为南方同学的联络员。吴仲禧和几位同学到湖南平江准备策动一位营长起义，因为势孤力单未果。6月，吴仲禧接到吴石来信，知道袁世凯死了，反动校长辞职了，学校已经通知各地学员返校上课，吴仲禧于7月返校，其他南方同学也有不少接到吴石通知回校。

吴石从保定军校毕业后，东渡日本陆军大学留学。吴仲禧则被派回福建宁德某部当候补军官，1934年参加了“福建事变”，1937年在浙江嘉兴由王绍鏊介绍秘密加入中共。此后，吴石、吴仲禧分别了20多年(1916-1940)。

两广共事

1940年3月，分别多年的吴石和吴仲禧，一起在韶关参加南方各省部队整训会议。由于两人相知较深，又有同乡、同宗、同学、战友关系，虽然时隔多年，但依然一见如故。吴石以优异成绩从日本毕业回国后，一直未受到重用。抗战开始后，他看到国民党的腐败、无能现象，更是满怀愤懑，无所顾忌地向吴仲禧发了一番牢骚和感慨。吴石认为自己研究军事20多年，但一直未有兵权，被人讥讽为书呆子。同学白崇禧赏识他的学识，但也没给他带兵的实权。估计是他不会搞逢迎拍马、官场应酬。吴仲禧也和他以诚相见，除了没有暴露自己在1937年6月入党的秘密，其他对时局和人事的看法都毫无保留。两人私下谈了三四个晚上。