剧中曹操哭荀彧、哭关羽、哭爱子曹冲的戏份，或是对对手的尊重，或是亲情的流露，更多是发之真情，而非虚伪矫饰。当他即将离开尘世，对自己让曹植卷入与曹丕的世子之争，又颇后悔。曹植本非擅长争权弄术之人，陷入政治漩涡，也是迫不得已。曹操的怜子之心，也如同凡人。当他在洛阳外巡见儿童唱民歌，以及最后在高台上舞戟诵诗，这两段戏抒情而不矫情，把一代枭雄的最后心境和盘托出，也挺有感染力。

在《军师联盟》中，荀彧、崔琰的自我牺牲，曹丕、曹植的世子之争，固然有个人追求或野心所在，但他们均怀有理想抱负，希望收拾乱世，还天下百姓以太平。又如杨修这个人物，才高气傲，野心勃勃，希望建功立业，但其胸襟也令人钦佩，绝非那种自作聪明、谋一己之私欲的野心家。杨修明知失败而不后悔，最后与曹植的一番对谈，颇有士为知己者死的慷慨激昂。剧中前半段，杨修和司马懿是对手，虽然司马懿是赢家，但他和杨修共饮断头酒，那一幕告别场景也不失君子之风。

与以往戏曲、影视剧相比，这部剧更是重塑了司马懿的形象。史书记载中三国时期司马懿的形象并不糟，但因司马家族篡位及后世晋朝的腐朽、混乱，才导致司马懿的民间形象崩盘，变成乱臣贼子的负面典型。《军师联盟》把司马懿塑造成隐忍、忠诚、多谋的角色，身上并没有暗藏窃取江山社稷的狼子野心。这个人物的宏伟抱负跟曹操、曹丕、杨修大致类似，即努力还天下太平，给百姓一个安居乐业的和平世界。

从历史本身来讲，三国无义战，连年征战，谁也谈不上是正义方。《三国演义》把蜀汉立为道德仁义一方，魏吴两方自然就被贬低了。《军师联盟》确立的价值基础是，主要英雄人物的志向有相通之处，即追求统一天下，重造太平世界。有了这个价值取向，整部剧的权谋争斗也就有了些许理想的光芒，而不是天下乌鸦一般黑的勾心斗角。曹操、荀彧、崔琰、杨修之死，多少也令人惋叹。虽然该剧几乎没有战争大场面，主要是各个人物之间的文戏，但个性魅力不减。

按照剧情走向，司马懿最终应该是继承了曹操、曹丕等人的未了遗愿，历经艰难带领魏国去实现统一天下的抱负。从这个角度来讲，《军师联盟》演绎的是众军师的谋略对决，但对权谋之术进行了“消毒”，不张扬阴毒奸狠，主要人物都有做事做人的底线，不失英雄本色，让观众在心理情感上更容易接受。这种对三国故事的改编，主干线没有错，支线情节虽有不少瑕疵，但还是可圈可点的。