日本的政权名义上已移交到明治天皇的手里，但旧幕府实力犹存，一方欲收回权力，一方又不愿放权，问题终究只能靠枪杆子来解决。就在以萨长为首的倒幕派与以新选组等佐幕派势力剑拔弩张之际，近藤勇却意外地被一枚枪弹击中，不得不下阵养生。刺客是伊东甲子太郎的余党，此一事件使得土方岁三在随后的战争中成为新选组的领导者。

1868年1月27日，伏见、鸟羽之战爆发，新选组在土方岁三的率领下，决定与会津藩联手为德川家做最后的奋力一搏。这次，他们的对手是拥有洋枪洋炮的萨长联军，正如土方岁三后来所感慨“如今已非刀枪的时代”，此役中，新选组多名队士战死，旧幕府势土崩瓦解。两个月后，未经历伏见、鸟羽之战的近藤勇在甲州率领队士对阵装备了新式武器新政府军，最终在甲州胜沼之战中惨败，随后近藤勇向新政府军投降。就在近藤勇投降后的一周，江户无血开城，戊辰战争胜负已定。或许出于对新选组残杀尊攘志士的仇恨，新政府并未放过这个佐幕派头目，当年5月17日，近藤勇被押送至板桥斩首，享年35岁。近藤勇死后一个月，身患肺结核的冲田总司也在江户病逝。曾经名震天下的新选组，也仅剩土方岁三这一支余脉了。

土方岁三

就在江户无血开城的同日，土方岁三与幕府军会合，随后于5月11日攻陷宇都宫城，一个月后又攻占白河城，先后参与母成峠之战、泷泽峠之战。随着旧幕府军节节败退，当年10月12日，土方岁三等人随榎本武扬率领的旧幕府海军舰队前往虾夷地。在位于日本北海道的箱馆（今函馆）登陆后，土方继续执着地指挥着剩余的队士，仿佛是为了悼念近藤与过往同志的亡灵一般，他以鬼神之姿狂扫戊辰战争爆发以来数场最激烈的战斗。