不过，今年3月份，长江防总在开展汛前检查时发现各省市存在一些薄弱环节，归纳起来表现在9个方面，在相关省市或多或少显现：去年长江沿线部分地区遭受大汛后，物资消耗很大，部分省市物资还未充实到位；去年汛期水毁工程较多，个别地方水毁修复工作进度不理想；在建水利工程中，存在着进度滞后的问题可能会影响安全度汛；一些病险水利工程还存在险情未及时整治的情况，部分涵闸、水库仍存度汛隐患；部分被抽查地区的防汛抗旱应急预案，特别是基层的应急预案可操作性不强；一些地区存在崩岸情况，亟需应急处置，长江防总在检查时发现，各省市已按国家防总的汛前安排，按照“不等不靠”的思路，对崩岸险情正在进行处置。通过长江防总督查督办，汛前检查发现的具体问题，相关省市进行了认真整改，并提交了整改报告。

5月20日，湖北省武穴市正在进行官桥大港加固工程收尾工作。官桥大港是连接武山湖与长江的灌排通道。

此外，中小河流和山洪灾害日渐突显并成为防洪的薄弱环节。
据民政部门统计，山洪已成为中国洪涝灾害导致人员伤亡的“第一杀手”。2016年汛期，河北井陉县暴雨引发山洪造成人员的大量死亡，也加剧了人们对“第一杀手”的关注。
今年3月份，长江防总在汛前检查时发现，云南省部分基层单位山洪灾害防御群测群防体系不健全。
“我们检查曲靖市会泽县乐业镇横山村的乡村级山洪灾害防御预警点时，发现山洪灾害雨量自动报警器无人维护、工作不正常，操作人员不熟练，山洪灾害防御预案修订不及时。”陈敏举例说。
对此，长江防总要求云南省防指应进一步健全群测群防责任制体系，提升基层山洪灾害防御能力。
“在主汛期到来前，尽快完善曲靖市会泽县乐业镇横山村山洪灾害预警设施，修订山洪灾害防御预案，将责任落实到人，加强预警设施操作人员的培训，组织群众进行转移避险实地演练，并举一反三，切实提高群众防御山洪灾害的意识和能力。”整改意见指出。
长江防总在检查中还发现，个别地方仍存在建设项目侵占河道的现象，“特别是一些上游山区河道存在这类问题，我们发现后及时把线索提交给地方，采取整治措施。”陈敏说。