目前两名在中国境内疑似从事间谍活动的日本人被中国国家安全部门逮捕，其具体情况不得而知，但是曾经公开报道的日本在中国的间谍活动就有，2005年日本人大林成行和东俊孝未经中国测绘行政主管部门批准，在中国擅自从事测绘活动，用GPS测量仪器和动态差分测量技术测量、采集中国境内的大量地理坐标数据，已经可以将数据精确到20至50厘米，完全可以用于军事目的，这在世界各国都是严格禁止的。

2005年，新疆的安全部门依法暂扣了二人的测绘相关器材和物品，罚款5万元后并将二人递解出境。

2010年高桥定等4名日本人擅自进入河北省某军事管理区并对军事目标进行非法录像。河北省石家庄市国家安全机关接到报告后，即对上述人员依法采取措施，并对其问题进行审查。

此外，一名男子曾经指责日本外务省指使民间人士对中国进行间谍活动，日本外务省拒绝对该指责发表评论。

向《产经新闻》透露上述消息的是一名40岁的日本男子，他自称就是受到日本外务省指使进行对华间谍活动的当事人。据称，该男子是于1999年同身为日本人在华遗孤的母亲一起回到日本的。

该男子称，他回到日本前的1994年，日本外务省国际情报局官员就委托他从事对华间谍活动，而后该男子利用出差等机会，收集中国情报多达十余次，并悉数交给日本外务省，每次获酬劳10万～20万日元。该男子交给日本外务省的资料包括新华社的内部机密文件———经济决策情报、内部参考和国际内参等。

由于长期从事间谍活动，该男子越发感到不安，遂要求日本外务省提供保护，而日本外务省称，如果被捕，外务省会通过外交途径解救他。但后来该男子被捕时，除日本驻北京使馆一职员看望过他之外，日本外务省没有提供任何帮助。该男子称，他在北京某监狱服刑七年回国后，外务省也没有向他道歉。《产经新闻》的这篇报道说，对于该男子的指责，日本外务省拒绝发表任何评论。

日本媒体曾报道说，为加强海外情报搜集，日本正在积极扩充间谍队伍，组建新的间谍机关，提高日本的情报搜集能力，为日本强军、谋求军事大国服务。仅2012年公布的日本财政预算草案显示，年度日本自卫队的防卫费用为4.813万亿日元。其中7.7亿日元专门拨给防卫厅搜集海外情报的间谍机构“国际情报局”。

据被日本间谍杀害的意大利人万斯白的文章称：日本是最早向中国派遣“顾问”的国家之一。自清末实行新政、编练新军，中国就开始聘请日本顾问。在清政府看来，日本在现代化进程中所遭遇和解决问题的办法，比之西方列强更切合中国实际；而中日文化的相近，以及它仿效德国所建立起来的军事制度，也比较适合曾经受过德国人训练的北洋军；并且日本顾问的聘用费用相对较低。这样的考虑，不可谓不细密，然而却也正中日本的下怀。从担任袁世凯、段祺瑞、黎元洪顾问的青木宣纯、坂西平八郎，到为孙中山、孙传芳、张作霖担任顾问的佐佐木到一、冈村宁次、土肥原贤二，日本人对中国政治、军事均有介入和渗透。