此后，2006年3月，王登记进入陕西国土厅任党组书记，4月履新厅长。2006年7月，为了从源头上减少煤矿事故、促进煤炭工业健康发展，陕西省政府印发《陕西省煤炭资源整合实施方案》，其中鼓励大型煤炭企业采取兼并、收购、参股等方式整合小煤矿，并由国土资源管理部门对整合后的资源依法划定矿区范围。

在此次煤炭整合的治理过程之中，一些商人接近了王登记。判决显示，2007年至2012年，王登记接受陕西多个煤矿的实际控制人、法定代表人的请托，为煤矿资源整合、划定矿区范围等事项提供帮助。其中，为王登记出资跑官的商人高置林，2010年就曾为该煤矿井田置换、调整矿区范围而送给王登记350万元。

打点王登记的商人各获得了好处。例如，2006年12月，陕西神木县政府向榆林市政府上报的马连湾煤矿资源整合方案为单井整合，榆林市政府将其调整为多井整合，此后该矿负责人杨小平找到王登记帮忙，陕西国土厅最终将该矿调整回单井整合并获陕西省政府批复。为此，王登记收到杨小平给的500万元。

另有一些煤矿则通过送钱扩大了矿区范围，判决显示，2009年，陕西长城煤矿负责人高崇楼请王登记帮忙给该矿扩大点资源面积，当年10月，高崇楼花80万元为王登记购买了冬虫夏草作药引子，又于2011年1月送给王登记100万元。陕西国土厅最终为长城煤矿划定了扩大2.4平方公里矿区范围。

除此之外，王登记还接受煤矿股东、国企法定代表人财物，为煤矿办理煤矿置换后相关手续、探矿权保留手续等手续提供帮助。上述所有非法收受他人给予的财物，共计折合人民币6624.34万元。

王登记在庭审中对公诉机关的所有指控均无异议。判决显示，中央纪委及廊坊市人民检察院反贪污贿赂局出具了办案说明，称王登记认罪态度较好，在组织谈话期间，主动交代组织并不掌握的本人涉嫌受贿犯罪的问题；组织将王登记在谈话期间交代的收受董江元等8人贿赂的犯罪线索移送检察院后，王登记对上述犯罪事实也供认不讳。

辩护律师提出，王登记曾主动退还商人王世春所送的西安某房产和手表，这部分不属于受贿，并认为王登记有自首情节，主动退还、退缴部分财物。

廊坊中院对此认为，王登记利用职务便利为王世春谋取利益，自2007年至2012年收受其房产、手表，属于受贿，直2014年7月因担心纪委调查才退还赃物，其出于掩盖犯罪目的的退赃行为，不影响对其受贿性质的认定。对于王登记有自首情节、主动退缴部分财物的辩护意见，该院予以采纳。

2016年10月17日，廊坊市中院认定王登记犯受贿罪，判处无期徒刑，剥夺政治权利终身，并处没收个人全部财产。法院同时判决查封、扣押在案的受贿款人民币1054万及西安市某房产、江诗丹顿牌手表予以没收、上缴国库，其余赃款继续追缴、予以没收。